目的:本课题在采集到的牙周炎患者龈下菌斑样本中提取出菌群基因组总DNA(g DNA),通过进行16SrRNA测序以及数据分析,探讨牙周炎不同分期的龈下菌群是否都有显著差异,以及是否存在明显的生物标志物,为进一步认识新分类下不同分期的牙周炎并指导临床诊治提供实验数据支持。方法:1.用无菌吸潮纸尖采集不同分期的牙周炎患者的龈下菌斑样本,提取菌群g DNA。2.用部分已提取的g DNA进行3种牙周炎可疑致病菌P.gingivalis(牙龈卟啉单胞菌)、P.intermedia(中间普氏菌)以及A.acitinobacillus(伴放线聚集杆菌)的直接PCR核酸电泳,验证样本g DNA来源。3.将g DNA进行16SrRNA测序以及数据分析,研究不同分期的牙周炎龈下菌群是否存在差异。结果:1.成功在无菌吸潮纸尖采集到的共57个不同分期的牙周炎龈下菌斑样本中提取到了菌群g DNA,样本g DNA平均浓度为21.17±16.63 ng/μL,平均纯度(A260/A280)为1.99±0.30;其中55个样本符合质检标准。2.在57个样本中3种可疑致病菌直接PCR核酸电泳总检出率为64.9%(P.gingivalis)、68.4%(P.intermedia)、7.0%(A.actinomycetemcomitans)。3.16SrRNA测序结果及数据分析显示样本序列充足,覆盖深度足够,在LEf Se差异分析中,在默认的生物标志物筛选标准(LDA>4)未找到符合条件的生物标志物。将设定值标准调整为LDA>2后,Ⅰ期、Ⅱ期、Ⅲ期、Ⅳ期的样本中均有不同的生物标志物,其中在数据库中比对可以精确到种水平,且LDA值最大的为Ⅱ期样本中的生物标志物Neisseria oralis,LDA=3.21。结论:1.无菌吸潮纸尖采集的龈下菌斑样本提取所得的菌群g DNA基本符合质检标准,可进行测序分析。2.与参考文献中三种可疑致病菌在牙周炎龈下菌斑样本中的检出率对比可以发现,本实验中的样本来源更接近于龈下菌斑而非唾液。3.Neisseria oralis可能是Ⅱ期牙周炎的生物标志物,有可能成为临床诊断中其中一种新的证据,并有望指导临床工作中对牙周炎进行的药物治疗。