猪白细胞抗原(Swine Leucocyte Antigen,SLA)复合体是由存在于7号染色体上一群紧密连锁并具有高度多态的基因所组成的一个染色体区域,编码主要组织相容性抗原。SLA复合体区基因是猪抗病育种的主要候选基因,相关研究亦表明SLA复合体区域基因的某些血清单倍型与猪的多种疾病易感性及多种经济性状间存在相关。但SLA区域基因繁多,且大多是具有高度多态性的基因。本研究以SLA-DQA基因为对象,从mRNA入手,在英国大白、瑞典长白、通城猪三个品种中,利用RT-PCR直接测序、克隆侧序和PCR-RFLP等方法对该基因整个编码区存在的DNA多态性进行了扫描,并分析了多态性与性状间的关联,取得如下结果: 1、通过RT-PCR方法克隆了通城猪DQA基因编码区序列,经序列比对后,发现在编码序列第722位碱基处有一新的SNP位点,该位点碱基发生A和G之间的转换从而引起氨基酸从Gly到Arg转变,并产生了Taq I酶切位点。 2、通过RT-PCR产物直接测序的方法对大白猪、长白猪、通城猪三个品种的DQA基因编码区多态性进行了分析,结果发现大白猪共有45个(29P+16S)变异位点:长白猪共有39个(25P+14S)变异位点;通城猪共有59个(45P+14S)变异位点。同时结合克隆测序,对杂合位点进行了分型,分析了RQA基因密码子使用频率,多态分布及等位基因的种类。 3、选定在三个品种中均存在多态的第46、169、209、264、274、285、294、299、331、355、372、410位共12个位点的多态性进行了其与部分免疫性状和生产性状间关联分析,结果发现:第46位(ACC→GCC)多态与平均血细胞容积、屠宰率的相关联达到显著水平(P<0.05),而与三点平均背膘厚的关联也接近显著水平(P=0.063);169位(GAA→CAA)多态与眼肌面积、腿臀肉骨率等的相关性达到显著或极显著水平;第274位(TTA→GCA/GGA)多态与DTH、IgG、内脂率、眼肌面积、板油率、腿臀比率、腿臀肉骨率相关:第285位(AAT→AAC)多态与DTH、内脂率、眼肌面积、板油率、腿臀比率相关;第294位(ATT→ATC)与白细胞数、IgG含量、眼肌面积和肌肉嫩度相关;第299位(ACT→ATT)与DTH、眼肌面积相关:第331位(CAG→AAG)与白细胞数、6-7肋间背膘厚、肌肉嫩度相关:第355位(TCC→CCC)与DTH、眼肌面积相关;第372位(ATA→ATG)与DTH、内脂率、眼肌面积、板油率、腿臀比率相关:第410位(AGC→AAC)与内脂率、板油率、腿臀比率、肉色相关;第209、264位两个位点未发现与任何性状有相关性。 4、在我室与通城畜牧局合建的实验群体中,对722位的Taq I-RFLP的多态与部分性状进行了关联分析,结果发现群体中只检测到两种基因型,关联分析表明不同基因型间在内脂率、三点平均背膘厚、6-7肋间背膘厚等性状上的差异显著(P<0.05)。