环境行政公益诉讼制度依托于环境公益诉讼制度。诉前程序作为环境行政公益诉讼制度的前置程序，其存在既是必要的，也是可行的。其一，它可以很好地防止滥用环境行政公益诉讼，充分调动行政机关享有的行政权自纠机制;其二，它的设置遵从检察监督的司法权谦抑原则，有效节约司法资源。从2015年7月设立环境行政公益诉讼试点至今，在4年多的地方实践过程中，全国各省市检察机关正在积极探索如何更好地实施诉前程序，并取得了可喜的成果。但是，由于该项制度改革尚未完全成熟，实施过程中暴露出越来越多的问题。文章内容主要由三部分组成。首先，将诉前程序的研究分为立案、调查核实、制发检察建议书、事后监督四个阶段来进行实证分析，发现检察机关在适用该程序的过程中，出现了诸如:检察建议书缺乏刚性、调查核实权行使不到位、生态修复督办效果不理想、与环境行政公益诉讼阶段衔接不畅等问题。其次，针对这些难题，本文试图从各地实践情况中分析原因，比如检察建议书制发流程不规范、缺乏技术支撑导致检察官在调查核实中存在现实困难、监督权行使不全面、检察机关对行政主体履职程度的理论认识不够深入导致在诉讼阶段研判错误。最后，通过参考检察机关运用诉前程序在环境资源保护领域成功结案的典型案例，以及各专家学者的建言献策，进行归纳总结并提出完善建议。一方面，以检察建议案件化管理为创新模式来细化诉前程序的规定内容;另一方面深化检察机关监督职能来强化诉前程序执行效力。希望通过此次研究，能优化诉前程序的运行，能使环境行政公益诉讼制度发挥更大的效益。