鲇(Silurus asotus)隶属于鲇形目(Siluriformes)、鲇科(Siluridae),广泛分布于东亚各大水系,是我国重要的经济鱼类。近年来,由于全球变化和人为因素的影响,水生生物多样性面临巨大威胁。而在我国,随着经济的迅猛发展,水域生态环境受到水电工程、围湖造田、点源和面源污染、外来物种入侵、人为酷捕等因素的影响,水生生物资源下降,生存空间被挤占,生存条件恶化,濒危物种数量增加,已使我国水生生物多样性面临巨大挑战。鲇作为其中一员,其资源量也日趋减少,而物种的遗传多样性是其适应环境和保持演化潜力的基础。目前有关鲇遗传多样性的研究较少,因此,本研究以鲇为研究对象,利用微卫星和线粒体DNA分子标记,探讨了鲇的遗传多样性和遗传结构,以期探明鲇的遗传多样性水平,为其遗传资源保护和利用奠定基础。本研究的主要内容如下：1.通过新一代“454”测序技术,成功开发了47对鲇多态性和一对单态性的三、四核营酸型微卫星分子标记,并将这些微卫星位点在南方鲇中进行跨种扩增,成功扩增得到38个位点,其中多态性微卫星位点22个,说明所开发的这些微卫星位点在近缘种中具有较高的通用性,可以为鲇属鱼类遗传变异研究提供更多的遗传标记。2.利用所开发的9个微卫星位点,对长江中上游以及珠江水系鲇8个种群遗传多样性进行分析。结果表明：各群体的期望杂合度(HE)在0.6-0.891之间,观测杂合度(Ho)在0.564-0.899之间,平均多态信息含量(PIC)在0.69-0.81之间。鲇种群的多样性在长江及珠江水系常见鱼类中处于较高水平,并且长江水系种群的多样性和杂合度整体上高于珠江水系。其中,虽然云阳群体和平果群体可能由于过度捕捞等因素的影响存在过短期的遗传“瓶颈效应”,但并未对其遗传多样性的水平造成影响。通过鲇8个种群遗传结构分析发现,鲇种群间的基因交流较频繁,遗传变异水平较低,遗传分化主要来自于群体内个体间的变异,并且群体间近缘程度与其地理分布相一致。3.使用线粒体细胞色素b基因序列为分子标记,对来自于长江、珠江、辽河以及东南沿海更多地理分布区的鲇种群的遗传多样性、遗传结构和种群演化历史进行了分析。鲇种群单倍型多样性(Hd±SD)为0.948±0.009,核苷酸多样性(Pi±SD)0.01799±0.00055,平均核苷酸差异数(K)为19.972,与微卫星分子标记分析结果一致,鲇种群具有较高的遗传多样性水平。所有线粒体cytb单倍型被划分为4个谱系结构,AMOVA分析显示其大部分的遗传变异来自于谱系间(70.90%),认为这些区域的鲇种群存在多样化的谱系。并在晚更新世时期(0.04-0.05Ma),可能由于更新世(2.6-0.01Ma)全球气候多次冰期与间冰期旋回事件的综合影响而经历过近期的种群扩张事件。本研究通过以微卫星和线粒体cytb基因序列为分子标记,对鲇多个种群的遗传多样性和遗传结构进行了分析。虽然目前鲇种群具有较高的遗传多样性水平,存在多样化的谱系分布,但鲇的资源量也存在下降趋势,应避免过度捕捞和对其栖息环境的破坏,以保证鲇鱼资源的可持续利用。