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马氏珠母贝(Pinctada martensii)是我国人工育珠的重要海产贝类，主要分布于广东、广西和海南沿海。贝壳的颜色在养殖群体中呈现多态性，最常见的有黑、白、红和黄色等4种。课题组自2005年以来，对四种壳色进行分离纯化，并采用群体继代选育方法对四种壳色群体的生长速度进行选育，以期培育出优良马氏珠母贝新品系，用于培育优质海水珍珠。本实验采用课题组经过3代壳色和生长速度选育的马氏珠母贝黑、白、红、黄壳色F3代选育系为研究对象，以同工酶分析和随机扩增多态性(RAPD)分析为实验手段，结合形态学特征统计分析对马氏珠母贝四种壳色F3代选育系进行遗传多样性分析，以验证其选育效果。主要结果和结论如下：
(一)形态学特征分析：
为了评价四种壳色群体间的形态差异，共测量了七个形态指标：壳长(SL)、壳高(SH)、壳宽_(SB)、绞合线长(HL)、体重(TW)、软体重(FW)、壳重(SW)。黑壳色群体的七个形态指标平均值分别为：63.79 mm，69.25 mm，26.50 mm，59.52mm，39.79 g，15.32 g，24.47 g；白壳色群体的七个形态指标平均值分别为：57.36 mm，63.69 mm，22.24 mm，54.42mm，30.70 g，15.21 g，15.49 g；红壳色群体的七个形态指标平均值分别为：52.13 mm，57.66 mm，23.01 mm，50.71 mm，23.71g，9.08 g，14.63 g；黄壳色群体的七个形态指标平均值分别为：56.13mm，60.11 mm，22.58 mm，53.05mm，24.63 g，10.35 g，14.28 g.；杂色群体的七个形态指标平均值分别为：50.75mm，56.72 mm，17.73 mm，49.92mm，20.49 g，9.55 g，10.95 g。黑壳色群体的七个形态指标均列第一位，杂色群体比较小，说明黑壳色群体生长速度最快，杂色群体最慢。
统计了壳高系数、壳宽系数、绞合线长系数、体重系数、含肉率和壳重系数六个经济性状参数，黑壳色群体的六个经济性状参数平均值分别为1.094，0.398，0.942，0.344，0.391，0.208；白壳色群体的六个经济性状参数平均值分别为1.112，0.368，0.950，0.376，0.493，0.190；红壳色群体的六个经济性状参数平均值分别为1.110，0.420，0.976，0.343，0.394，0.210；黄壳色群体的六个经济性状参数平均值分别为1.073，0.389，0.948，0.324，0.415，0.189；杂色群体的六个经济性状参数平均值分别为1.119，0.330，0.985，0.401，0.465，0.948。方差分析表明不同壳色群体间的壳高系数和绞合线长系数差异不显著(P>0.05)，壳宽系数、体重系数、含肉率和壳重系数差异极显著(P<0.01)。
马氏珠母贝四种壳色F3代选育系的壳色纯化率分别达到黑壳色95.83％、白壳色88.33％、红壳色100％、黄壳色95.0％，即马氏珠母贝壳色已经可以稳定遗传，这种结果也说明群体选育对壳色表型的纯合是有效的。比较马氏珠母贝黑、白、红、黄壳色F3代选育系可知：黑壳色群体具有最大的生长速度和壳重，白壳色群体具有最大的体重系数和含肉率，红壳色群体具有最大的壳宽系数和壳重系数，黄壳色选育系在各经济性状上的表现趋于一般化。马氏珠母贝的壳色遗传及差异为其选种提供了方向。
(二)同工酶分析
用聚丙烯酰胺凝胶不连续电泳，对马氏珠母贝黑、白、红、黄四种壳色选育系的外套膜、鳃、消化盲囊和闭壳肌4种组织中SOD和MDH2种同工酶的表达情况进行了分析。结果表明，2种同工酶均有明显的组织特异性。四种壳色群体的多态位点比例均为0.7143，平均有效等位基因数分别为1.5029、1.3684、1.3018、1.5726，平均期望杂合度分别为0.2789、0.2291、0.1967、0.3153，表明四种壳色选育系均具有较高的遗传多样性，同时存在一定的杂合子过剩现象。
(三)随机扩增多态性(RAPD)分析：
运用随机扩增多态性DNA(random amplified polymorphic DNA，RAPD)技术对经过3代壳色选育的马氏珠母贝黑、白、红、黄等四种壳色选育系的遗传多样性进行了研究，以确定四个选育系的遗传分化情况，为进一步选育提供理论支撑。结果显示：17条随机引物在4个群体中共扩增出176条谱带，其中多态性谱带164条(93.18％)；4个群体平均多态性位点比率(P)分别为82.51％，81.93％，75.30％，77.03％；平均Nei基因多样性指数㈣分别为0.2336，0.2134，0.1965，0.2019；平均Shannon信息指数(Hi)分别为0.3516，0.3230，0.2799，0.3059。4个群体间的平均遗传分化系数(Gst)为0.2731(0.2143～0.3186)，遗传距离(Dxy)分别为黑白0.1135，白黄0.1303，黑黄0.1349，白红0.1546，红黄0.1584，黑红0.1968；聚类分析表明四个壳色选育系间的亲缘关系由近及远顺次为黑壳色、白壳色、黄壳色和红壳色。研究表明四种壳色选育系均具有较高的遗传多样性，选育系间遗传分化明显。研究结果为马氏珠母贝四种壳色的定向选育奠定了理论基础。