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本研究通过室内拮抗、温室盆栽和田间试验相结合的方法，研究了长柄木霉（Trichodermalongbrachitum）和泾阳链霉菌（Streptomyces jingyangensis）混接效应，构建了复合菌剂组成菌的复配组合，研究了两株生防菌复配菌剂与有机无机肥配施对烤烟生长发育、抗逆性、产量品质的影响，并采用室内分析和磷脂脂肪酸（PLFA）法深入研究了烟田土壤基础呼吸、微生物碳氮、土壤酶和微生物群落结构等微生物学指标的动态变化规律。主要研究结果如下：（1）两生防菌株无相互抑制作用，具有较高的相容性，并且两菌株本身及其代谢产物对不同生境下的黑胫病菌、猝倒病菌和赤星病菌均具有较高的抑菌活性。两菌株复配能影响烟苗根部和地上部的形态建成，促进烟苗根系和茎、叶的生长，显著增加地下部根系体积、根系总表面积、根长和根系平均直径以及地上部茎高、茎围、叶长、叶宽和生物量，具有显著的促生效能。生防菌组合能显著提高烟苗根系超氧化物歧化酶（SOD）、苯丙氨酸解氨酶（PAL）等防御酶活性，对烟草黑胫病的相对防治效果达到了69.3%。（2）复合菌剂与有机无机肥配施能显著改善烤烟农艺性状，提高烟株根系和叶片SOD、PAL等保护酶活性，降低黑胫病、赤星病、花叶病等病害的发病率和病情指数。相关分析表明，烤烟根系PAL、SOD与叶片的PAL、SOD等保护酶活性呈正相关。复合菌剂与有机无机肥配施还提高了烟叶还原糖和总糖含量，尤其是烟叶钾含量显著增加，使烟叶化学成分更趋协调。（3）在烤烟旺长期，与单施化肥相比，复合菌剂及有机无机肥配施显著提高了土壤有机质和速效磷、钾含量、土壤微生物量碳、氮（SMB-C, N）和土壤基础呼吸，降低了土壤的代谢商（qCO2）。烤烟团棵期至成熟期取样检测结果显示，复合菌剂及有机无机肥配施显著提高了土壤脲酶、过氧化氢酶、碱性磷酸酶等土壤酶在不同生育时期的酶活性值，一般在烟株的旺长期和现蕾期的酶活性值较高。上述烟田土壤微生物学特性指标对复合菌剂与有机无机配施的响应明显，并随有机肥比例的增大，效果更加明显。（4）复合菌剂与有机无机肥配施显著提高了土壤总磷脂脂肪酸（PLFA）总含量、真菌/细菌比值、降低了G+/G-比值。土壤总PLFA含量、真菌数量和真菌/细菌比值的增加与烤烟黑胫病发生率的降低有较好的一致性。在一定程度上以上磷脂脂肪酸标记物能指示其对土壤健康恢复和土传病害抑制的效果。