猪Mx1基因和ICOS基因的序列及多态性研究

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应用比较基因组学、生物信息学等方法分离鉴定了这两个基因,并研究了Mx1基因的SnaBⅠ和MspⅠ多态性位点与猪免疫性状和生产性状的相关性。具体结果如下: 1.依据人ICOS(Inducible T-cell co-stimulator,T细胞诱导型刺激物)基因cDNA信息获得猪该基因EST,根据这些EST所构建的EST重叠群设计引物,获得了大白、梅山两个猪种该基因的全长编码序列(Coding sequence,CDS),大白品种序列已提交到GenBank中,登录号为AY902753。获得了该基因第2和3内含子序列,将大白、梅山第2和3内含子序列提交到GenBank,序列号分别为:AY902751、AY902752、AY902749和AY902750;通过序列比对发现第2内含子存在3个SNPs,第3内含子存在20个SNPs。 2.获得了大白、梅山Mx1(myxovirus,抗病毒蛋白)基因第9、10、11外显子序列,序列比对结果发现2个SNPs,没有导致酶切位点改变;获得了大白、梅山该基因第6和9内含子序列,将大白、梅山第6内含子序列提交GenBank,序列号分别为AY902746和AY902747,将大白第9内含子序列提交GenBank,序列号为AY902748。 3.Mx1基因第6内含子序列比对结果表明存在7个SNPs,371位G-A的突变导致SnaBⅠ酶切位点改变;第9内含子序列比对发现存在4个SNPs,186位G-A的突变导致MspⅠ酶切位点多态性。 4.建立了Mx1基因第6内含子SnaBⅠ-RFLP和第9内含子MspⅠ-RFLP分型方法。在大白、长白、梅山群体中检测了SnaBⅠ酶切位点多态性,计算了不同品种的基因型频率和等位基因频率,等位基因频率主要在中外猪种间存在显著差异;在大白、长白、梅山、淮南、通城、杜洛克、清平七个猪品种中检测了Mx1基因MspⅠ-RFLP多态,发现有三种基因型存在,多态位点频率差异主要发生在所检测的大白猪种内部,这些结果为中外猪种的表型差异提供了分子水平的依据。 5.在109头大梅F2代资源群体中进行SnaBⅠ-RFLP标记与性状的关联分析,免疫性状方面,该位点与红细胞数、红细胞压积、平均血细胞容积、平均血细胞血红蛋白量、平均血细胞血红蛋白浓度、红细胞分布宽度显著或极显著相关,胴体性状方面,该位点与眼肌宽显著相关,肉质性状方面,该位点与背最长肌色值、股二头肌色值、背最长肌大理石纹、股二头肌大理石纹显著相关。
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