棉花是新疆最主要的经济作物之一。新疆是全国棉花苗期病害发生最严重的地区。苗期根腐类病害的普遍发生严重影响到新疆棉花的产量和品质。本研究对新疆南疆主要棉区根腐类病害发生情况进行了大面积普查,并通过病样采集,对致病菌进行分离与鉴定,对各地病样进行了分子检测,对各地分离菌进行了致病力测定;在此基础上,采用毒力测定与种衣剂药效试验相结合的方法进行了防病药剂的筛选。以期准确查明南疆棉区根腐类病害病原种类及其病害分布,筛选出高效防治两病药剂,建立关键防控技术,为新疆棉花苗期根腐类病害的防治提供理论支持和技术指导。田间调查及病样分离鉴定结果表明:南疆棉区棉花根腐类病害主要有2种,分别为立枯丝核菌（Rhizoctonia solani）引起的立枯病和拟轮枝镰孢菌（Fusarium verticillioides）引起的红腐病;其中立枯病的发生较为普遍,其病原菌的分离频率也较高;红腐病的发生有明显的地域性,个别县发生较多,其病原菌的分离频率也相对较低。利用文献报道的各病原菌特异性引物对各地病样进行的分子检测结果表明:两种根腐类病害病原菌均有较高的检出率;其中立枯丝核菌的检出率（约80%）显著高于拟轮枝镰孢菌（约56%）,立枯丝核菌的检出地（所有县市,80%的乡）显著多于拟轮枝镰孢菌的检出地（所有县市,56%的乡）;说明两菌在南疆均有普遍分布,但立枯丝核菌分布更广。致病力测定结果表明:两种病原菌之间立枯丝核菌的致病力极显著高于拟轮枝镰孢菌;两种病原菌中,不同地区来源的菌株间存在显著的致病力差异,同一地区的菌株间也存在显著的致病力差异。药剂毒力测定结果表明:6种杀菌剂（80%甲基立枯灵、50%咪鲜胺锰盐、75%戊唑异菌脲、75%苯醚甲环唑、80%代森锰锌、70%代森联）对立枯丝核菌毒力较大(EC₅₀为11.9²65.3);6种杀菌剂（70%代森联、80%代森锰锌、50%咪鲜胺锰盐、45%福·甲·硫磺、75%肟菌·戊唑醇和36%三氯异氰尿酸）对拟轮枝镰孢菌毒力较大(EC₅₀为91.3³08.6);其中,50%咪鲜胺锰盐表现出较好的两菌兼防的效果。两菌混合接种后的包衣防病效果表明:甲基立枯灵+咪鲜胺锰盐、咯菌腈+精.咯.嘧菌、咪鲜胺锰盐+三氯异氰尿酸三种复配配方对两病有高效防治作用,综合防效在86%以上。