核桃DELLA蛋白编码基因的克隆及分析

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核桃(Juglans regia L.)树高常达10~25m,干径可达1m左右,冠幅直径6~16m,属落叶乔木,是我国重要的经济树种。目前核桃栽培大多采用大冠稀植和乔化密植,导致树冠大,栽培管理困难,树冠郁闭,影响通风透光,果实品质差,经济效益低。矮化栽培因具有结果早、品质好、管理方便、品种更新快等优点,已成为果树业发展的趋势。本试验以矮化型核桃品种‘辽宁2号’为试材,通过同源克隆和RACE技术克隆得到了核桃DELLA蛋白编码基因的cDNA全长,并通过生物信息学软件进行了分析,旨在从分子水平研究果树的矮化机理,为核桃的矮化育种工作奠定基础。主要结果如下:1.根据已知的DELLA蛋白编码基因的保守序列设计引物,以‘辽宁2号’核桃嫩叶cDNA为模板,扩增得到长为449 bp的一段cDNA片段,通过Blastn比对,该片段与葡萄的DELLA蛋白编码基因(Genebank:EF141255)同源性达到81%。该片段编码149个氨基酸,Blastp比对结果显示:该氨基酸片段同小金海棠(Genebank:ADH53781)和苹果(Genebank:ADH53780)的DELLA蛋白同源性最高分别为92%和91%。证明克隆得到序列为DELLA蛋白编码基因的一部分。2.在此序列的基础上进行3′端和5′端RACE扩增。最终获得到2,361 bp的cDNA全长序列,包含1,842 bp的完整的开放阅读框(ORF),158 bp的5′非翻译区,349bp3′非翻译区及12bp的poly A。将该基因命名为JrGAI(Genebank:JF766606)。3.该基因编码的DELLA蛋白包含613个氨基酸(Genebank:AEE69074),推测其分子量为66.78kDa。同源性分析结果表明该蛋白与其他物种DELLA蛋白高度相似,与毛果杨关系最近,相似度达98%。对其氨基酸序列进行生物信息学分析,将其与毛果杨、番茄、五叶地锦和拟南芥进行多重比对,发现不同物种DELLA蛋白的氨基酸序列在N端的同源性总体上不高,但存在DELLA和TVHYNP两个非常保守的酸性结构域,中部有一个核定位信号结构域(N LS)RKVATYFGLARR,C端有RVER和SAW两个保守结构域。证明核桃的DELLA蛋白具有同其他物种相似的功能。
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