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甲型副伤寒(paratyphoid fever A)自1999年以来在玉溪市流行,并一直是玉溪市的一个严重公共卫生问题。玉溪市红塔区的甲型副伤寒发病率很高,每年大于100/10万,远高于我国该病平均发病水平(1/10万左右)。肠道沙门菌肠道亚种甲型副伤寒血清型(Salmonella enterica serotype paratyphi A,简称甲型副伤寒沙门菌)是玉溪伤寒与副伤寒比例日益上升的原因,在伤寒与副伤寒病人血液分离菌株中占99.4% (4543:4569)。甲型副伤寒的流行提示甲型副伤寒沙门菌的重要性在增加,并对人类形成了一个挑战。对1999-2009年玉溪市大量散发疑似甲型副伤寒病例进行连续的病原学监测,并分析每月、每年甲型副伤寒沙门菌分离株的动态变化;认识甲型副伤寒沙门菌分离株的抗生素敏感性、噬菌体型和脉冲场凝胶电泳(PFGE)型,并确定它们之间的联系以及甲型副伤寒沙门菌分离株的分布和流行率。揭示甲型副伤寒沙门菌分离株的遗传多样性、流行克隆、传播危险因素、传播途径和克隆扩散;确定在1999-2009年期间玉溪流行性甲型副伤寒主要由多个或单一克隆引起,并认识甲型副伤寒沙门菌的传播扩散方式、生态学要素和流行病学因素;制定甲型副伤寒预防控制的创新性策略。采用BacT/ALERT 3D系统完成疑似甲型副伤寒病例的血培养;采用有对照的K-B纸片扩散技术对所有甲型副伤寒沙门菌分离株进行抗微生物药物敏感性试验。经PCR扩增和基因测序检测萘啶酸抗性甲型副伤寒沙门菌菌株喹诺酮抗性决定区的gyrA、gyrB、parC和parE基因的变异。对随机选择的部分萘啶酸抗性(NAR)株和萘啶酸敏感(NAS)株进行萘啶酸等抗生素最小抑菌浓度(MIC)测定。使用沙门氏菌噬菌体对甲型副伤寒沙门菌株进行分型。采用限制性核酸内切酶SpeI和XbaI消化细菌染色体DNA,对甲型副伤寒沙门菌株进行PFGE分型和聚类分析。用社区病例对照研究和队列研究确定甲型副伤寒沙门菌传播的危险因素。采集与甲型副伤寒沙门菌传播有联系的污水、井水、蔬菜样品进行沙门氏菌和粪便污染指示菌的检测。调查研究流行甲型副伤寒沙门菌和生态学要素与流行病学因素之间的联系。持续对1999-2009年出现的15500个散发疑似甲型副伤寒病例进行病原学检测,共获得4543个甲型副伤寒沙门菌。1999年后每年甲型副伤寒沙门菌分离株在增多,血培养证实甲型副伤寒与伤寒病例数的比率分别为6:4、77:3、1262:3、493:4、258:6、751:1、412:1、712:2、420:3和152:0。城区人群发病率明显高于农村;每年5-10月出现一个季节性流行高峰;15-45岁人群病例数占总病例数的77%以上。揭示每年4-10月和每间隔1-2年出现病例数高峰的生态学、流行病学规律。分离株在1999、2000年的NAR率分别为12.5%(1/8)和82.2%(60/73)。在2001-2008年期间获得分离株的NAR率超过了97.0%,NAR率自2001年95.0%(880/926)上升到2005年的100%(407/407),2006、2007和2008年的NAR率分别为99.3%(678/683)、99.5%(400/402)和100%(182/182),所有NAR分离株都降低了对氟喹诺酮类药物的敏感性,其MIC值比NAS株的高得多。NAS株在1999年占优势,但在2000年以后被NAR株替代。15个萘啶酸抗性菌株的PCR扩增和基因测序显示抗性机制是由gyrA基因的单点突变导致第83位的丝氨酸被苯丙氨酸替代引起。194个分离株SpeI和XbaI消化染色体片段分别得出10种和7种不同的PFGE型,其中SpeI01、SpeI02型或XbaI01型为优势型,SpeI01和SpeI02分别占46.40%(90/194)和43.30%(84/194),或XbaI01占93.81%(182/194)。在121个分离株中,仅存在1种噬菌体型。没有发现萘啶酸抗性表型、噬菌体型和PFGE型之间的对应联系。甲型副伤寒病例和餐馆食物有关,特别是吃生蔬菜,比值比OR>3.2( 95% CI: 1.60-12.1)。井水、河水与蔬菜的粪便污染都获得证实,所有井水、河水样品(25/25)和大部分餐馆生蔬菜样品84.5%(60/71)含有粪大肠菌群。暴露危险因素区域的发病率高于非暴露危险因素区域,而且流行更为广泛。甲型副伤寒沙门菌传播生态学要素、流行病学因素、生物学机制和生态动力学之间的联系得到证实。研究期间分离株萘啶酸抗性率增加,该抗性率反映少见突变或选择事件出现后的克隆扩散,在面对萘啶酸抗性率增加,创新性预防策略变得更为重要。有限的甲型副伤寒沙门菌克隆引起了玉溪PA流行,SpeI01、SpeI02型或XbaI01型是传播与扩散的主要克隆,在玉溪呈高度流行态势。甲型副伤寒流行和井水、河水与蔬菜的粪便污染以及地理区位有联系,可能是通过摄入受病人和带菌者粪便污染地表水洗涤的生蔬菜引起,不同发病率与不同生态学要素和流行病学因素的联合驱动有关,环境污染控制是一项治本策略。甲型副伤寒不仅是一个严重的公共卫生问题,还是城市化和生态动力学的问题。阐明有关甲型副伤寒沙门菌传播链、传播网、传播模式、克隆扩散和传播动力学的生物学和生态学机制;提高认识甲型副伤寒出现或再现以及预测暴发或流行的能力;发展甲型副伤寒传播理论并完善甲型副伤寒预防控制策略。因为人口由农村向城市流动可能带来与人口增长相关卫生条件和其它基础设施不适应的新问题,要限制甲型副伤寒流行可能还需要预防控制甲型副伤寒的一些创新性策略。