阿尔兹海默病易感基因PTK2B表达调控的遗传机制研究

来源 :哈尔滨工业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:liaozhouyi
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阿尔兹海默病(AD)是最常见的神经退行性疾病,然而目前AD的致病机理尚不清楚。全基因组关联分析(GWAS)在PTK2B基因的上游区域识别出一个显著的AD易感位点,但此位点在AD发病过程中所发挥的作用尚未可知。单核苷酸多态性变异(SNP)rs28834970是该位点上被GWAS识别的与AD相关性最强的SNP。本文以rs28834970变异为出发点,通过生物信息学方法分析PTK2B基因的遗传表达调控机制及其对AD患病风险的影响。本文通过连锁不平衡分析和遗传关联分析识别出rs28834970所在连锁不平衡区域上的6个SNPs均有显著的AD易感性,P值均小于1.00E-11。基于127个不同细胞系和组织的富集分析,本文发现rs28834970位点仅在血液中免疫细胞系的增强子元件中激活并发挥潜在的表观调控作用。基于收集的3个脑组织和8个血液的数量性状基因座(eQTL)数据,本文通过eQTL分析rs28834970变异与PTK2B基因表达量的相关性,发现rs28834970的最小等位基因“C”仅在外周血组织中对PTK2B基因的表达量有显著的正向调控作用。基中8个血液eQTL分析结果的回归系数β均大于0.1或Z值大于15,P值都小于0.01,最低可达5.98E-165。然而脑组织的eQTL结果P值均大于0.1。通过meta分析,本文整合了8个血液eQTL数据集的分析结果,并作为血液PTK2B基因表达量的工具变量进行了孟德尔随机化(MR)研究。MR分析结果发现血液PTK2B基因的高表达会显著增强个体患AD的风险(β=0.373,P=3.22E-09)。综上,本文发现了AD易感位点rs28834970仅在血液中对PTK2B基因有正向表达调控作用,且血液中PTK2B基因的高表达会增加AD的患病风险。此外,本论文亦构建了完善的GWAS下游分析的生物信息学实验流程,并首次提出血液中的PTK2B基因及其编码蛋白Pyk2可作为AD诊断和治疗的潜在靶点。
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