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DNA条形码技术,是一种借助生物体的一段DNA短片段来对生物进行快速鉴定的技术。作为传统分类学的辅助手段,DNA条形码技术以数字化为特征,因而对物种的自动化鉴定、生物多样性的监测以及濒危物种的保护都具有重大的意义。石耳属地衣是一类大型、独立、叶状的地衣型真菌,因其分布广,所处系统进化位置特殊,并具食用、药用等多种经济价值,一直是分类学者关注的热点之一。本研究首先对ITS序列是否是石耳属合适的DNA条形码进行了评估,确定了ITS序列是石耳属合适的DNA条形码区段。本研究供试的石耳属地衣标本共305份,利用通用引物ITS5和ITS4特异性地扩增了石耳属地衣的ITS序列,共获得有效ITS序列228条,扩增及测序的成功率达74.8%。对228条ITS序列进行序列比对,获得可作为DNA条形码的有效序列长度为520 bp。在此基础上,本研究利用Mega 5.0构建了物种鉴定树,结果表明ITS序列将供试的15个种的石耳属地衣标本划分为8大聚类簇,成功聚类了12个种。通过物种鉴定树的构建还印证了U. yunnana的疑似种和U. hypococcinea的新亚种在种系发生中的位置。同时,我们在确定了ITS作为合适的石耳属地衣DNA条形码的基础上,进一步在ITS1和ITS2两个区域寻找石耳属地衣各物种的特有序列,即微型条码。共寻找到石耳属地衣18个种的微型条码共24条,仅通过3-4个差异碱基的组合即可区分不同的物种,物种内特有序列的获得弥补了系统发生树无法将亲缘关系较近的地理替代种以及种对区分开的缺陷。本研究在传统分类学的基础上,应用ITS序列作为DNA条形码可轻松简便地将石耳属内各物种区分开,并能进一步确认某些疑似亚种或新种在石耳属地衣中的系统位置;同时微型条码的获得也为后续物种鉴定芯片的应用提供了研究依据。这将对地衣分类学的表型与基因型相结合的研究具有重要意义。