近年来，部分学者研究发现世界上大部分国家的企业所有权不是高度分散而是相当集中的。由于所有权集中在大股东手中，导致现代企业的主要代理问题是大股东与中小股东之间的利益冲突(Shleifer和Vishny，1997；La Porta等，1999)，即大股东利用自己的控制权通过各种方式来侵害中小股东的利益。 在我国，一方面，为了维护公有制的主体地位，国有企业在改制上市过程中都采用了国家控股的股权模式。由于股份制改制中片面强调公有制主体地位以及股票发行制度的行政审批和额度控制，造成我国上市公司大股东控制问题严重(李东平，2001)。由于“大股东控制”，导致上市公司大股东有能力和动机通过一系列的关联方交易来侵占上市公司的经济资源，损害中小股东的利益。其中无偿占用上市公司资金已经成为了大股东侵占中小股东利益最直接、最严重的一种方式。另一方面，独立审计作为公司制企业运作的外部监督机制，能够减少委托人与代理人之间的信息不对称，减少代理成本。注册会计师在审计过程中依据独立审计准则的规定，运用专业知识，对公司的财务状况、报表的公允程度进行分析，并发表恰当的审计意见。由于大股东占用上市公司资金是大股东对上市公司的赤裸裸的盘剥，是显失公允的事情：当大股东占用上市公司资金量越大时，越会影响到公司正常的生产经营能力、盈利能力及持续经营能力，此时，注册会计师面临的审计风险也越大。因此，注册会计师在出具审计意见时，应当对这种现象加以考虑。但由于我国的会计师事务所与当地政府之间千丝万缕的关系(夏立军，2005)，使得注册会计师在审计判断的过程中有失公允，影响审计意见的出具。总之，注册会计师在对上市公司的审计过程中是否能保持其应有的独立性和公允性，对具有大股东资金占用的审计客户说“不”，有待检验。 基于上述制度背景，本文利用2004年度A股沪、深上市公司数据，从上市公司大股东性质(包括控股模式和终极所有权)角度出发，利用二阶段回归模型在克服资金占用内生性问题的基础上，通过分析大股东性质对资金占用的影响以及资金占用对审计意见的影响两方面来系统研究我国上市公司大股东性质、资金占用与审计意见之间的关系。研究发现：(1)政府直接控股的上市公司被大股东占用的资金余额比例显著的低于政府间接控股的上市公司；(2)中央级政府控股上市公司被其大股东占用的资金余额比例显著的低于民营外资上市公司被其大股东占用的资金余额比例；(3)大股东占用上市公可的资金余额比例越高，注册会计师越有可能对该上市公司年度报告出具非标准的审计意见。本文研究结果表明： 一、大股东不同的控股模式会影响大股东与中小股东之间的委托代理成本。政府直接控股的上市公司由于其终极大股东并不从事经营活动，其通过关联交易占用上市公司资金的能力大大削弱。所以政府直接控股的上市公司被大股东占用的资金余额显著的低于政府间接控股的上市公司。 二、公有产权与私有产权的差异导致政府通过行政手段与大股东的双重身份对国有上市公司进行干预；相反，由于政府只能通过行政手段的方式约束民营上市公司大股东占用上市公司资金的能力，而民营上市公司大股东可以通过将非经营性资金占用转为“经营性资金”或者其它合法形式逃避证监会与证券交易所的管制。所以中央级政府控股的上市公司被其大股东占用资金的余额显著的低于民营外资上市公司被其大股东占用的资金余额。 三、注册会计师在出具审计意见时，综合考虑了大股东资金占用对公司年度报告审计意见的影响，即表明我国注册会计师具有一定的审计独立性和执业能力。大股东资金占用比例越高，上市公司盈利能力和持续经营能力可能会越差，其盈余管理程度可能越高，这样，注册会计师承担的审计风险越大，因此注册会计师出具非标准审计意见的可能性越高。