浒苔(Ulva prolifera)属于石莼科下的一种大型海洋绿藻,在世界各大海洋中广泛分布。2008年,我国黄海爆发了世界上最大规模的绿潮,绿潮不仅给山东沿海和江苏沿海的的旅游业、水产养殖业和人们的生活带来的巨大的影响,而且对当地的生态环境产生不良影响。研究发现:导致我国绿潮形成的直接原因是以浒苔为主的大型海洋绿藻大规模爆发漂浮于海面上。在绿潮发生后,尽管相关部门采取了一些紧急措施去应对,但是取得的效果并不明显,且来年绿潮又能卷土重来。为了更好地减少绿潮带来的灾害,对其主要物种浒苔的生物学研究就显得非常必要。本文利用植物基因组DNA提取试剂盒提取浒苔的基因组DNA,并以此为模板对黄海漂浮的浒苔的核糖体基因簇单元全长序列进行PCR扩增、测序和序列分析。结果得到浒苔核糖体基因簇单元全长序列为8948bp,其中18S r DNA 1760bp,28S r DNA 3259bp,ITS1 205bp,5.8S r DNA 160bp,ITS2 176bp,IGS 3388bp。对各部分序列碱基组成分析发现,ITS和IGS序列对胞嘧啶具有明显的偏好性,而18S r DNA和28S r DNA序列对鸟嘌呤具有明显的偏好性。浒苔核糖体基因簇单元全长序列的GC含量为54.12%,其中ITS和IGS序列的GC含量比保守序列的GC含量高,这表明内转录单元间隔区序列和基因间间隔区序列比保守序列变异率更高,进化速率更快。另外,IGS序列中发现大量简单的直接重复序列、串联重复序列、短对称序列和回文序列。利用IGS序列对9个样品四种不同浒苔种进行分类研究,对测序得到的IGS序列结果分析发现:不同浒苔种的IGS序列长度存在较大的差异,扁浒苔与曲浒苔序列长度相近,浒苔与曲浒苔序列长度相近。IGS序列相似性分析及遗传距离分析发现浒苔与曲浒苔具有最大的相似性和最小的遗传距离,两者序列的相似性为49.4%,遗传距离为1.031~1.082;扁浒苔与曲浒苔具有最大的相似性和最小的遗传距离,两者序列的相似性为73.7~74.0%,遗传距离为0.098。构建的系统发育树中,虽然系统发育树的拓补结构与ITS构建的系统发育树存在一些差异,但是四种浒苔都被聚类到不同的独立分枝。因此可知不同种浒苔的IGS序列存在较大差异,可以用于种间的分类鉴定。因为IGS序列可用于不同地理群相同物种亲缘关系的研究,所以本文利用部分IGS序列对黄海浒苔的溯源进行研究。比较分析后,发现黄海漂浮的绿潮物种的IGS序列完全相同,为同一类型的相同物种,且漂浮浒苔样品的IGS序列与海南博鳌(BA)、山东威海文登(WD)、山东威海乳山和尚洞(RS)、江苏紫菜养殖筏架(PFR)定生浒苔的序列几乎完全相同,说明黄海绿潮浒苔来源与山东浒苔,江苏紫菜筏架定生浒苔及海南定生浒苔密切相关。此外,在山东海阳、江苏大丰和浙江象山发现了不同于黄海绿潮浒苔类型的浒苔。本研究结果为绿潮溯源的研究提供了新的证据和思路。