猪H-FABP基因分子遗传多态性及其序列分析

来源 :中国农业科学研究院 中国农业科学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:taorong19880903
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提高瘦肉率与改善肉质是猪育种的两个重要目标。据研究,沉积在肌肉内的脂肪,即肌内脂肪含量与肉的嫩度和风味有直接关系。适中的肌内脂肪含量可产生理想的口感。但是目前对瘦肉率的选择已经使猪肉中平均肌内脂肪含量下降至低于最佳范围,因此在保证瘦肉率(低背膘厚)的前提下,提高肌内脂肪含量,是新的育种目标。本研究主要以肌内脂肪含量较高的中国地方猪种作为实验动物,利用PCR-RFLP技术研究猪心脏脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因5’-上游区域和第二内含子区的遗传变异,另外,还对H-FABP基因内的多态片段进行了克隆和测序分析,确定了三个变异酶切位点的位置和突变的碱基序列,目的是为进一步分析H-FABP不同基因型与肌内脂肪含量的关系,确定影响肌内脂肪沉积的主效基因奠定基础。 以八个中国地方猪种和引进品种大白猪共409头猪为实验动物,利用PCR-RFLP技术研究了H-FABP基因的5’-上游区和第二内含子内的遗传变异。结果在九个品种的5’-上游区中都验证了一个HinfⅠ-RFLP,变异的酶切位点在1322位,等位基因H,在皖南花猪,二花脸猪,金华猪,小梅山猪,滇南小耳猪,香猪,荣昌猪,北京黑猪和大白猪中的频率分别为0.3556,0.3448,0.5968,0.6607,0.8019,0.7300,0.7609,0.7000和0.8962。大白猪和滇南小耳猪的HinfⅠ-RFLP的基因型分布相似,二者分别与其它七个猪种之间存在着极显著的差异(P<0.01);皖南花猪和二花脸猪的相近,二者与另外七个品种之间的差异也达到极显著水平(P<0.01)。在第二内含子中,还验证了一个HaeⅢ-RFLP,该多态性只出现在皖南花猪和大白猪中,等位基因D的频率分别为0.9889和0.6146。另外,在第二内含子中还发现一个新的多态HinfⅠ~*酶切位点,等位基因B的频率在两品种中分别为0.8649和0.5769。在所有测定的猪种中,都没有发现MspⅠ-RFLP。 经χ~2检验表明,在HinfⅠ-RFLP中,除去香猪群体,其余八个猪种的基因频率和基因型频率都达到了Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05),HaeⅢ-RFLP中,皖南花猪群体未达Hardy-Weinberg平衡(P<0.01),而在HinfⅠ~*-RFLP中,九个猪种群体的基因频率和基因型频率皆处于平衡状态(P>0.05)。 在HinfⅠ-RFLP中,八个中国猪种均表现为中度多态(0.5>PIC>0.25),大白猪表现为低度多态(PIC<0.25);在HaeⅢ-RFLP中,大白猪的PIC表现为中度多态,皖南花猪表现为低度多态,其余品种的PIC皆为零;在HinfⅠ~*-RFLP中,九个猪种的PIC表现情况与HaeⅢ-RFLP类似。 分别对如上所述3个变异酶切位点的多态片段进行克隆测序分析,结果表明5’-上游区HinfⅠ-RFLP是由于1324位的碱基T→C的突变引起;在第二内含子中,HaeⅢ-RFLP变异酶切位点在1811位,发生了C到G的突变;HinfⅠ~*-RFLP是由于1970位发生T→C的碱基替换。
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