NIPT在IVF孕妇群体产前筛查中的应用研究

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近年来NIPT(Non-Invasive Prenatal Testing,无创产前基因检测技术)得到广泛应用,而NIPT技术针对以体外受精-胚胎移植(In Vitro Fertilization And Embryo Transfer,IVF-ET,以下简称IVF)方式受孕孕妇的检测在国内外的报道仍然缺乏大数据的支撑。NIPT检测IVF孕妇的检出效果尚不明确,各国产前诊断专家建议慎用或不作为NIPT检测适用人群。然而,IVF孕妇在产前筛查中比自然受孕孕妇更为复杂,在进行产前血清标记物筛查时,表现出更高的假阳性率。作为IVF受孕得到的“珍贵儿”,孕妇极不愿意进行有创的产前诊断来增加流产的风险。因此,IVF孕妇亟待一项准确性更高的产前筛查技术,减少有创性产前诊断带来的流产风险。本研究采用NIPT检测技术对11455例IVF孕妇的外周血DNA进行高通量全基因组低深度测序及分析,结果表明:1本研究的11455例文库检测的目的片段均在260~320bp要求范围内,文库浓度均≥2ng/μL,且DNB(DNA纳米球,DNA nanoball)浓度均≥8ng/μL,表明11455例IVF孕妇外周血DNA成功构建文库及制备DNB;通过全基因组0.1X测序,11455例文库测序的有效数据量均≥3.5 M,Q30≥85%,表明11455例IVF孕妇外周血DNA成功建库并测序,满足测序质量的要求。2利用NIPT的方法,对11349例IVF孕妇的测序数据进行了分析,结果显示:1)阴性样本共11266例;21-三体阳性46例;18-三体阳性28例;13-三体阳性9例。经确诊后显示21-三体假阳0例,18-三体假阳3例,13-三体假阳2例,并经出生随访确认结果,假阴样本0例。2)对NIPT检测方法的灵敏度、特异性、准确率和Kappa值做了详细分析发现:a)IVF孕妇的21-三体综合征的灵敏度为100%,特异性为100%,准确率为100%,Kappa(K)为1;b)IVF孕妇的18-三体综合征的灵敏度为100%,特异性为99.97%,准确率为99.97%,Kappa(K)为0.9432;c)IVF孕妇的13-三体综合征的灵敏度为100%,特异性为99.98%,准确率为99.98%,Kappa(K)为0.8749。3基于NIPT的IVF孕妇中妊娠单胎和双胎的检测及其灵敏度、特异性、准确率、Kappa值分析,结果显示:1)阴性样本共11266例,单胎7763例,双胎3503例;阳性样本共有83例,其中T21阳性46例,单胎35例,双胎11例;T18阳性28例,单胎20例,双胎8例;T13阳性9例,单胎6例,双胎3例。经确诊后显示21-三体假阳0例;18-三体单胎假阳2例,双胎假阳1例;13-三体单胎假阳1例,双胎假阳1例;并经出生随访确认结果,假阴样本0例。2)对NIPT检测IVF孕妇中妊娠单胎和双胎的灵敏度、特异性、准确率和Kappa值做了详细分析发现:a)IVF孕妇的21-三体综合征灵敏度、特异性、准确率在单胎及双胎均为100%,Kappa(K)为1,单胎vs双胎的准确率P=1;b)IVF孕妇的18-三体综合征单胎灵敏度、特异性、准确率、Kappa(K)分别为100%,99.97%,99.97%,0.9472;双胎灵敏度、特异性、准确率、Kappa(K)分别为100%,99.97%,99.97%,0.9332,单胎vs双胎的准确率P=0.54;c)IVF孕妇的13三体综合征单胎灵敏度、特异性、准确率、Kappa(K)分别为100%,99.98%,99.98%,Kappa(K)为0.9090;双胎灵敏度、特异性、准确率、Kappa(K)分别为100%,99.97%,99.97%,0.800,单胎vs双胎的准确率P=0.40。4对NIPT在IVF孕妇中的检测准确性进行了进一步分析发现:a)通过对NIPT在自然妊娠孕妇与IVF妊娠孕妇中检测得到妊娠男胎含Y染色体的胎儿浓度进行了方差分析,表明NIPT技术在自然妊娠孕妇和IVF妊娠孕妇中的未见差异;b)对本研究出现的所有假阳性和检测失败样本进行了深入分析,确认NIPT在IVF孕妇中出现的假阳性及检测失败的主要原因与自然妊娠孕妇出现的主要原因一致。综上所述,本研究采用NIPT对IVF孕妇的检测表现出了高灵敏度、高特异性、高准确率和较高Kappa值,表明该技术检测IVF孕妇的21-三体综合征、18-三体综合征和13-三体综合征是可行及可靠的,提示该方法可用于IVF孕妇的产前筛查,从而减少有创性产前诊断带来的流产风险。
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