目前，水资源保护和水质安全问题备受关注，而我国传统的水资源管理体制仍存在诸多问题。因此，水环境补偿机制方面的研究已成为政府部门和经济学者关注的热点。流域水环境补偿是调动水源保护区生态环境建设者和保护者积极性的重要经济手段，是一项保障水资源环境安全的重要举措。对于协调流域水源保护区与下游受益区之间利益关系，实现水源地生态环境与社会经济的可持续发展具有重要意义。　　本文从流域水环境补偿理论基础出发，结合国内外研究成果及实践案例，对补偿理论和实际问题进行分析。在比较国内外几种常用的补偿标准测算方法的基础上，总结不同方法之间的区别与联系。并针对水环境生态补偿机制中的补偿主体与客体、补偿资金以及补偿方式进行具体研究，从而构建流域水环境补偿标准框架。运用补偿模型法、机会成本法、费用分析法及基于生态保护与建设成本等，从水源涵养林效益补偿、保护区限制性生产效益补偿以及水源地生活治污设施效益补偿三方面考虑，建立流域水源地综合效益补偿模型。　　本文以哈尔滨磨盘山水库为例，根据建立的补偿模型进行计算，得出对水源地五常市的水资源保护经济补偿总额。经计算，水源涵养林效益补偿值为303653.83万元、保护区限制性生产效益补偿值为28579.50万元、水源地生活治污设施效益补偿值为3724.00万元，补偿总额共计335957.33万元。其中，下游受益地区哈尔滨市需要承担的补偿金额为334678.33万元，国家和省政府承担1279.00万元。