基于微服务架构的神经元形态数据库初步设计和实现

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神经元形态学研究是揭示神经元的形态和功能之间关系的基础。神经科学家需要从高分辨生物图像中重建出神经元的形态并进行计算和分析。由于神经元形态的复杂性,获取神经元的形态学数据是一个耗时费力的过程。进行形态学研究需要大量的神经元数据,创建神经元形态学数据库将为神经科学家提供基础研究数据共享平台。然而,现有的神经元形态学数据库存在信息记录不规范、开发架构落后、功能多年未更新等问题,已难以满足神经科学家的需求。此外,用户需要观察神经元的形态之前,往往需要将数据预先下载至本地后,再使用高性能工作站和专业软件进行可视化,因此如何降低生物图像的可视化成本是另一个重要的问题。针对以上问题,结合在全脑网络可视化研究过程中的需求设计并实现了一个基于微服务架构的神经元形态学数据库平台。平台包括数据来源标准化管理系统和神经元形态学数据库两部分。其中,数据来源标准化管理系统用于在获取神经元形态学信息的过程中进行流程管理和信息记录,为神经元形态学数据库提供标准化的神经元数据;神经元形态学数据库提供形态学数据检索、神经元形态学在线计算分析、可视化等功能。其中可视化功能包括神经元重建结果、脑轮廓和原始数据的在线可视化。原始数据的可视化使用远程渲染技术,提供三维高分辨率生物图像的在线体绘制服务。采用了图像裁剪、图像压缩、图像质量动态调整、请求速率动态限制等方法来优化原始数据的可视化性能。经测试,平台可以同时为多个用户提供稳定的原始数据可视化服务。该平台基于微服务架构进行开发,可以方便地在其基础上扩展更多的功能,有利于降低神经元形态学研究的成本,帮助神经科学家在神经元形态学领域开展更广泛的研究和实验。
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