以定制产品和时间敏感性产品的跨区域供应链为背景，从调度层面研究了生产运输集成调度问题，通过协同优化订单分配、生产调度和分批运输调度，以增加利润、降低成本、提高客户服务水平。在问题中，生产环节采用按单生产模式，运输环节采用直达运输模式，制成品立即或在短时间内批量运往客户。首先，以完成所有订单的最长提前期与总成本加权和最小化为目标建立了问题的数学模型，分析了解的最优化条件及问题的复杂性。为供应链中有一个单机器工厂多个客户的情况设计了精确式算法；为供应链中有多个单机器工厂多个客户、一个平行机工厂多个客户和多个平行机工厂多个客户的情况分别设计了基于向量组编码结构的禁忌搜索算法。仿真实验验证了所提算法和向量组编码结构的有效性。其次，以完成所有订单的总提前期与总成本加权和最小化为目标建立了问题的数学模型，分析了解的最优化条件及问题的复杂性。为供应链中有一个单机器工厂一个客户的情况设计了动态规划算法；为供应链中有多个单机器工厂一个客户、一个平行机工厂一个客户和多个平行机工厂一个客户的情况分别设计了采用自适应选择机制的混合禁忌搜索算法。仿真实验验证了集成优化策略的优越性、所提算法及自适应选择机制的有效性。再次，分别以交货期限内完成所有订单的总成本最小化、各工厂纯利润之和最大化为目标，研究了供应链中有多个平行工厂一个客户的问题。基于解的最优化条件，建立了问题的混合整数规划模型并设计了求解问题的禁忌搜索算法。仿真实验验证了集成优化策略的优越性和所提算法的有效性。最后，考虑了生产时间和生产成本不确定的情况，以完成所有订单的最长提前期与总成本加权和最小化为目标，为多个平行机工厂一个客户的问题建立了绝对鲁棒优化模型，并通过仿真实验验证了绝对鲁棒优化策略的有效性；考虑了决策者低估生产任务的情况，通过仿真实验验证了决策者低估生产任务会对系统性能造成不良影响的结论，设计了一种锚定与调整启发式方法以应对低估生产任务对系统性能带来的影响，并通过仿真实验验证了该方法的有效性。