知识产权海关保护是指海关对与进出口货物有关并受中华人民共和国法律、行政法规保护的商标专用权、著作权和与著作权有关的权利、专利权等实施的保护。中美知识产权贸易争端,自两国建交以来就不断升温,尤其是在我国入世以来,更是体现出多特点的发展趋势,各种侵犯知识产权的案件数不胜数且种类繁多,给各国都带来了不同程度的损失。国际普遍认为实施知识产权海关保护是保护知识产权的有效手段之一,知识产权海关保护研究具有理论和实践意义。中美之间几次典型的知识产权贸易谈判,显现出知识产权海关保护制度是在中美贸易争端和国际贸易的多重压力下逐渐起步和完善的,形成了以《海关法》、《中华人民共和国知识产权海关保护条例》以及《中华人民共和国知识产权海关保护条例》的实施办法为主的知识产权海关保护制度体系。我国知识产权海关保护的两种模式造成了海关与知识产权权利人之间权利与义务不均衡,权利人过于依赖海关主动保护以及海关公权与知识产权私权的对立,究其原因主要在于知识产权海关保护备案制度不成熟、保护客体范围过宽、保护措施不适当。针对以上问题,在中美知识产权贸易争端的背景下,我国知识产权海关保护应该完善其备案制度、完善知识产权海关保护救济制度、建立权利分类并施予不同保护措施、协调知识产权专门法与他法的合作。