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目的本研究旨在应用生物大分子表面加强的激光解析/电离化时间—飞行质谱仪结合配套的蛋白质芯片技术检测乳腺癌新辅助化疗前后癌组织内蛋白质谱的变化,筛选新辅助化疗疗效相关的蛋白谱。进一步探索由于TNM分期、患者年龄、淋巴结转移状况及ER、PR HER-2等的差异对新辅助化疗的影响。比较临床有效组与无效组之间蛋白峰差异,进而筛选有疗效预测价值的相关蛋白谱。方法64例乳腺癌患者入组,于新辅助化疗前行粗针穿刺获得乳腺癌组织,采用FEC方案或ET方案(氟尿嘧啶500mg/m2,第1天；表阿霉素100mg/m2,第1天；环磷酰胺500mg/m2,第1天；或表阿霉素75ms/m2,第1天；多西他赛80mg/m2,第1天；两方法均为每3周重复)化疗3-4个周期后手术治疗,术中取样。所取样本分装后,一部分在液氮中快速冷冻后放入-80℃冻存,另一部分经福尔马林固定后准备做免疫组化染色。取适量样品在液氮中研磨,利用蛋白提取试剂盒提取组织蛋白,采用K5600检测蛋白浓度。组织蛋白液经处理后上机得到质谱图,所得数据采用Biomarker wizard软件分析,得到蛋白峰度值。新辅助化疗前后的峰度值分别根据TNM分期分为Ⅱ和Ⅲ级两组,患者年龄≤50岁和>50岁两组,淋巴结转移≤4个和>4个淋巴结两组及ER、PR、HER-2阴性及阳性等分为两组,后利用SPSS17.0进行统计学分析。新辅助化疗疗效评估根据RECIST标准,将新辅助化疗患者分为有效组与无效组,并比较化疗前两者间的蛋白谱差别。结果采用Mann-Whitney秩和检验,得出化疗前后差异蛋白峰5825.89Da、8949.50Da、11053.48Da、11652.02Da、17898.94Da、22250.63Da、38546.56Da。以上7个蛋白峰化疗后均较化疗前增高。有效组和无效组比较得出差异蛋白峰5360、9089、10528、13445、15118、44065Da。在TNM分期、年龄、癌灶大小、淋巴结转移情况及ER、PR、HER-2的分类中,8949.50Da、17898.94Da、38546.56Da等峰表现出差异。化疗前后免疫组化染色变化明显的有18例,将其与无明显变化的46例比较,其中38546.56Da在两组患者化疗前的样本中有差异,8949.50Da及17898.94Da在两组患者化疗后的样本中有差异。结论1.采用SELDI技术能够筛选到新辅助化疗相关差异峰,结合临床疗效可筛选到新辅助化疗疗效的预测因子。2.肿瘤TNM分期、年龄、区域淋巴结转移状况及癌组织ER、PR、HER-2表达情况等对新辅助化疗的疗效有一定的影响。3.本研究结果为寻找新辅助化疗疗效蛋白质水平的评价标准提供依据。