虽然中国医疗改革成果斐然,但是出现了组织运行与正式制度不匹配的现象,基层卫生组织村卫生室就是一个典型。村卫生室运行受到制度改革和社会发展转型的影响,尽管国家出台了有关农村医疗卫生的相关政策,但是村卫生室这一组织功能受限,在改革中处于困境。因此探寻其中的原因有重要的现实意义,本研究的目的是探寻村卫生室在制度实践过程中的行动逻辑。本文从新制度主义理论合法性机制和科尔曼的法人行动理论出发,将村卫生室视为行动者来分析其行动,并考虑制约和影响其行动的外部环境,运用“制度-场域-行动”的框架进行分析。通过对云南省三个乡镇十一个村卫生室的实证调查,将村卫生室的微观行动放到宏观背景中分析,对可能影响村卫生室的制度环境和社会环境进行分析,再对村卫生室在乡村场域的行动进行探讨,进而揭示出农村层医疗组织具有规律性的行动逻辑。通过研究和分析得出村卫生室的行动受到外部环境和组织成员理性行动的影响。正式制度通过激励和约束手段规制着村卫生室的行动,非正式制度形塑着村卫生室的行动,乡村社会环境的变化也影响着的村卫生室的生存和发展,村卫生室会根据外部环境调整组织行为以获得合法性。作为理性行动者获得效益是村卫生室的另一个重要目的,村卫生室会在维持组织合法性的基础上做出最有利于自身利益的行动选择。村卫生室在在乡村场域与多个行动主体互动的过程中,需要在自身利益与组织合法性之间做成权衡,对不同的行动主体采取不同的应对方式。村卫生室不仅是受外部环境约束的组织,也是理性的行动者,基层卫生组织的行动是在满足合法性和获得组织利益之间做出的最优选择。