2014年11月修订的《行政诉讼法》明确将行政协议纠纷纳入行政诉讼受案范围,在此基础上,2015年4月出台的《最高人民法院关于适用<中华人民共和国行政诉讼法>若干问题的解释》对行政协议诉讼的程序方面进行了规定,主要涉及行政协议诉讼的概念、范围、诉讼时效、起诉期限、管辖法院、法律适用、判决类型以及诉讼费用等方面。值得肯定的是,我国在行政协议诉讼制度立法方面已经取得了重大进步,解决了长期以来困扰理论界与实务界的究竟应该通过何种诉讼程序处理行政协议纠纷的难题。但是,我们应当看到行政协议诉讼制度立法方面还存在不足之处,尤其体现为部分应该适用于该诉讼的程序的缺失与不完善,从而导致纠纷处理效果不理想。本文希望在对我国目前行政协议诉讼制度立法现状进行梳理的基础上,分析行政协议诉讼在程序方面存在的问题,并针对这些问题提出完善建议,促使制度体系进一步完善,使其更好地发挥处理行政协议纠纷的功能。正文共分为四个章节:第一章主要阐述行政协议诉讼的基本理论。首先,对行政协议的概念和法律性质进行了界定,并对其类型进行了部分列举。其次,分析行政协议诉讼的概念和特征,明确本文的研究对象。最后,探讨了行政协议纠纷纳入行政诉讼受案范围的价值。第二章主要介绍大陆法系国家和地区的行政协议诉讼制度。通过对法国、德国、日本以及我国台湾地区行政协议诉讼制度进行考察和梳理,学习和借鉴这些国家和地区的成熟经验,以完善我国行政协议诉讼制度。第三章主要分析我国行政协议诉讼制度的历史沿革与发展现状。此前最高人民法院在行政协议纠纷处理方式的程序选择上,时而选择行政诉讼程序,时而选择民事诉讼程序,而且判断标准也不明确。直到修法完成时,立法才明确规定通过行政诉讼程序处理行政协议纠纷。但是,经分析研究,现有法律制度在诉讼程序方面还存在不足之处,需要予以完善。第四章主要提出完善行政协议诉讼制度的建议。结合行政协议诉讼基本理论以及大陆法系国家和地区的先进立法经验,针对第三章所指出的制度上存在的不足之处,提出完善建议。