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药用植物内生及根部微生物种类、数量以及活性代谢产物相对比较丰富,是生物活性物质的重要来源。本研究旨在分离缬草内生及根际放线菌,筛选其中含安莎霉素类和卤代酶类抗生素生物合成基因簇的菌株,挖掘鉴定新的次级代谢产物。本研究通过分离纯化共获得143株缬草内生及根际放线菌,检测其对细菌和真菌病原菌的抑菌活性,结果显示22.4%的放线菌对病原菌具有抑制效果。基于AHBA合酶基因和卤代酶基因设计安莎类和卤代类抗生素简并引物,对抑菌效果较好的菌株DNA进行PCR扩增。结果表明:菌株AJ21和AJ56分别含有安莎类和卤代类抗生素生物合成基因。通过对两株菌进行16S rDNA鉴定、形态特征观察、生理生化研究以及系统发育分析,发现菌株AJ21和AJ56均为链霉菌属。基于菌株AJ21和AJ56的抑菌效果以及抗生素生物合成基因片段,进行基因组分析发现:菌株AJ21的基因组序列长约10 Mb,有8415个编码基因,GC含量达到73.73%。菌株AJ56的基因组序列长约8 Mb,有7259个编码基因,GC含量为71.85%。基因功能分析发现两者均含有特曲霉素抗性,并拥有丰富的次级代谢基因簇,其中菌株AJ21有54个,菌株AJ56有36个。综上所述,发现菌株AJ21的抑菌活性较好,含有丰富的次级代谢产物。通过优化发酵培养基和发酵天数,对其进行大量发酵萃取,检测结果显示萃取液对枯草芽孢杆菌有很好的抑菌效果。通过对分离纯化的萃取物进行HPLC检测和质谱检测,初步确定菌株AJ21的次级代谢产物中含有放线菌素D。菌株AJ56含有丰富的次级代谢基因簇,在萘啶酮酸终浓度为100μg/mL和Apr终浓度为1.2μg/m L条件下,构建了菌株AJ56与S17-1/pSET152以及与S17-1/pKC1139遗传转化系统,为后续挖掘其潜在的次级代谢产物提供了试验基础。