2005年5月1日至29日对扎龙鸟类群落进行了调查，共发现鸟类45种。其中古北界25种，广布种18种，东洋界2种；夏候鸟36种，留鸟4种，旅鸟5种。 鸟类群落间的相似性随着生境的演替逐渐降低，而处于临近演替阶段生境中的群落相似性较高。火烧对于鸟类群落的影响不及生境旱生化的影响高。Jaccard系数矩阵聚类划分的种团能更好地反映生境类型的演替，按照β多样性指数聚类划分的种团能更好地反映水位变化的差异。在扎龙补水恢复期，水位的变化对鸟类群落的组成造成了一定程度的隔离。 生物量和物种丰富度能够反映环境变化，群落特征与环境之间存在着显著的线性关系。 物种对于生境和水位的选择相对独立。苍鹭、斑嘴鸭、大苇莺、丹顶鹤、小嘴乌鸦、白翅浮鸥种群数量的变化可以指示扎龙湿地生态系统的水环境。 群落的生物量指示种为绿头鸭，群落物种丰富度的指示种为大苇莺、丹顶鹤，家燕是群落物种多样性指示种。 云雀、凤头麦鸡、芦鹀、家燕、黄鹊钨对于生境类型的指示功能较好，大苇莺、丹顶鹤、黄鹊鸽、须浮鸥、白翅浮鸥、斑嘴鸭对于水位具有比较好的指示作用。在补水恢复期，鸟类对于水环境的选择性高于对生境类型的选择性。