[目的]1、掌握湄洲湾南岸港区医学媒介生物的种群状况，探讨孳生环境改变对医学媒介生物种群分布的影响。2、利用线粒体DNA（mtDNA）上细胞色素氧化酶辅酶Ⅰ（COⅠ）658bp基因系列，初步建立福建蝇类的基因数据库及分子鉴定方法。[方法]1、分层抽样选取湄洲湾南岸港区三个作业区的六个作业码头为监测点。按照《中国出入境检验检疫行业标准》制定鼠、蚊、蝇、蜚蠊、蚤、螨、蜱、蠓8种医学媒介生物的监测方法，进行为期1年每月1次的调查。2、采集于福建部分口岸的4科13属19种64个蝇类新鲜标本，提取mtDNA进行PCR扩增，序列测序，并用DNASTAR7.10和MEGA4.0基因软件进行同源性对比、进化距离分析，构建系统进化树，鉴定蝇类标本。[结果]1、捕获鼠形动物2目2科3属5种，全年平均密度为2.24%，以臭鼩鼱为优势种属(26.15%)；生境不同，鼠形动物优势种属及密度不同，其中荒地密度最高(3.02%)。2、检获的蚤、螨、蜱种属较为单一，鼠体染虫率及各鼠体表寄生虫平均指数均较低。3、捕获蝇类4科13属16种，密度为35.55只/笼·日；以大头金蝇（67.44%）为优势蝇种；蝇类主要孳生于居住区(47.27只/笼·日)，活动高峰在夏季。4、捕获成蚊3属3种，密度为0.54只/人工·小时，以致倦库蚊（69.01%）为优势种属，居住区密度最高为1.63只/人工·小时，活动高峰在夏季。5、捕获蜚蠊3科3属5种，密度为0.87只/屋，以德国小蠊（94.86%）为优势种属，食堂密度最高为2.25只/屋。6、未捕获蠓类。7、上述蝇类种内进化分歧均数在0.00%-3.32%之间，种间进化分歧均数在5.26%-18.30%之间，但是铜绿蝇与丝光绿蝇进化分歧均数0.69%；系统进化树分析显示，相同的种很好聚集在一起，且可信度均达96%以上。[结论]1、湄洲湾南岸港区医学媒介生物种群均为福建省的常见种类，未发现外来新种；但是与该港区本底资料相比，新增了裸芒综蝇、褐须亚麻蝇、酱亚麻蝇、灰地种蝇、斑蟅黑蝇、绯颜裸金蝇、纳氏厉螨、粒形硬蜱、蔗蠊9个新纪录种；而鼠形动物的种群则保持相对稳定。2、湄洲湾南岸港区除鼠、蝇、蜚蠊外，其余种类密度均符合我国入出境检验检疫媒介生物控制标准。蜱、蚤、螨密度指数较低，且近年来有减少的趋势。3、现代化的作业码头，随着建设的完善、管理的规范，鼠形动物密度逐渐降低。注重石化码头的前期规划，建设、管理，提高地面硬化率及完善的现代化管理制度，对医学媒介生物的控制具有积极的意义。4、19种蝇类大部分种内进化分歧均数在0.00%-3.32%之间，种间进化分歧均数在5.26%-18.30%之间，种内种间差异较大，基于mtDNACOⅠ基因的658bp基因系列，可以用于福建部分蝇类种下水平的分类鉴定。5、基于mtDNA COⅠ基因的658bp基因系列，对于属或科上水平的区分及少数近缘种的鉴定上有所限制。