自20世纪80年代政府绩效审计进入我国以来，我国经济的快速发展使得对政府绩效审计的需求越来越强烈。然而，我国政府绩效审计依然处于起步阶段，存在许许多多亟待解决的问题，其中，缺乏一套科学的政府绩效审计评价指标就是制约我国政府绩效审计发展的重要原因之一。我国人口众多，农业具有高度战略地位，政府对农业的财政投入正逐年增加，因此，政府审计机关对基本农田专项资金的审计尤为重要，但评价指标的缺失使得针对基本农田专项资金的绩效审计停滞不前。　　在这种背景下，本文分项目完工前与项目完工后两个阶段分别探讨我国基本农田专项资金绩效审计评价指标。项目完工前，审计重点为专项资金的效率性，笔者将审计人员在审计中关注的六个主要问题作为待检验指标，通过构建回归模型得出该六个指标均与专项资金效率性显著相关，再对其进一步分析，根据不同的责任主体构建了不同的评价指标，形成了针对未完工项目的评价指标体系。评价项目施工方及监理方的指标包括三个：项目虚报工程量侵占工程款比例、项目虚报预算侵占工程款比例和个人侵占工程款比例。评价项目主管单位的指标包括六个：第一期工程款拨付滞后天数、项目进度款拨付滞后天数、是否遵照程序组织了项目招投标工作、项目立项前是否遵照程序复核了各立项申请材料、项目开工后是否对施工单位及监理单位上交的各项目进度实施了必要的复核、是否对项目施工单位及监理单位的账务定时检查。　　项目完工后，审计重点为专项资金的经济性与效果性，本文从经济效益、社会效益、生态效益三个方面的政府相关法律法规出发，构建了一套评价指标。其中，衡量经济效益的指标有四个：每万元投资建设基本农田数量、每万元投资新增产值、投资效果系数、农户人均年纯收入增长率；衡量社会效益的指标有三个：新增耕地率、人均耕地面积增加率、群众满意率；衡量生态效益的指标有三个：基本农田建设完成率、灌溉保证率、土地质量提高率。并对上述各项指标赋予了权重，给出了评价项目绩效的具体方法。