【摘 要】
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[目的]基于生物信息学预测的结果,通过体外实验验证NFKBIA的表达影响脑膜瘤细胞的凋亡。[方法]从NCBI基因表达综合数据库（GEO）下载了脑膜瘤相关的数据,使用R语言软件中的limma包筛选脑膜瘤和正常脑膜组织样本中的差异mRNA和差异miRNA;用R语言3.6.2软件中的colorspace包、stringi包、ggplot包、DOSE包、clusterProfiler包、enrichplo
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[目的]基于生物信息学预测的结果,通过体外实验验证NFKBIA的表达影响脑膜瘤细胞的凋亡。[方法]从NCBI基因表达综合数据库（GEO）下载了脑膜瘤相关的数据,使用R语言软件中的limma包筛选脑膜瘤和正常脑膜组织样本中的差异mRNA和差异miRNA;用R语言3.6.2软件中的colorspace包、stringi包、ggplot包、DOSE包、clusterProfiler包、enrichplo包进行差异mRNA的GO富集分析;用Cytoscape3.7.2软件分析有交集的差异mRNA和差异miRNA;在查阅文献的基础上,结合生物信息学方法筛选的结果,选取感兴趣的基因NFKBIA和miR-384。随后应用TargetScan在线工具预测miR-384和NFKBIA是否有结合位点,接着我们使用ENCORI For RNA Interactomes在线工具对miR-384可能结合的lnc RNA进行生物信息学预测;在神经外科手术中取得新鲜的脑膜瘤组织,用免疫组化验证其确实是脑膜瘤组织;随后用PCR验证筛选的NFKBIA、miR-384和LncRNA MALAT1在脑膜瘤中的表达;购买脑膜瘤细胞株,进行传代培养;构建NFKBIA的过表达质粒,进行慢病毒包装;用NFKBIA过表达的慢病毒感染人脑膜瘤细胞株,在感染24h,48h和72h后用荧光显微镜观察荧光表达情况和细胞的生长状态并拍照,确定最佳的感染复数（MOI）值。实验分为三组:Normal组:不进行任何干预的人脑膜瘤细胞株;NC组:培养空载慢病毒感染后的人脑膜瘤细胞株;NFKBIA-ORF组:培养NFKBIA过表达慢病毒感染后的人脑膜瘤细胞株。慢病毒感染人脑膜瘤细胞72h后,用PCR检测NFKBIA的表达,用CCK8检测细胞的增殖率,用流式细胞术、TUNEL实验和免疫荧光染色检测细胞的凋亡情况。[结果]在这项研究中,我们利用生物信息学预测发现共有317个差异表达mRNA,其中上调17个,下调300个;有223个差异表达miRNA,其中上调15个,下调208个;差异mRNA的GO富集分析主要表现在细胞基质结构成分和糖胺多糖结合等分子功能,白细胞迁移,对脂多糖的反应和对细菌来源分子的反应等生物过程,含胶原的细胞外基质,分泌颗粒腔等细胞组成;同时结合查阅文献结果,得到关键mRNA NFKBIA和关键miRNA miR-384直接作用于脑膜瘤;用TargetScan在线工具预测miR-384和NFKBIA可能有结合位点;用ENCORI For RNA Interactomes 在线工具预测得到 miR-384 可能结合 lnc RNA MALAT1;PCR验证发现NFKBIA、miR-384和LncRNA MALAT1在脑膜瘤中有表达;NFKBIA过表达的慢病毒感染脑膜瘤72h后,PCR结果显示NFKBIA表达升高;CCK8检测发现NFKBIA过表达慢病毒感染人脑膜细胞72h后,脑膜瘤细胞的增殖受到抑制;TUNEL实验发现NFKBIA过表达慢病毒感染人脑膜细胞72h后,脑膜瘤细胞的凋亡率升高;为了进一步验证以上结果,做了流式细胞术和免疫荧光染色,结果均发现NFKBIA过表达慢病毒感染人脑膜细胞72h后,脑膜瘤细胞的增值率降低,凋亡率升高。[结论]NFKBIA过表达后,明显地抑制脑了膜瘤细胞的增殖,促进凋亡的发生。此外,NFKBIA促进脑膜瘤细胞的凋亡可能是通过LncRNA MALAT1作为ceRNA吸附miRNA-384进而影响其表达,达到促进凋亡的作用。
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