应用主成分分析和分层聚类识别阿尔茨海默病候选基因

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阿尔茨海默病是一种最常见的痴呆症。这种疾病是不能治愈的退化性疾病。据估计,再过40年,全世界每85人就将有一个人会患阿尔茨海默病。然而人们对该病的致病机理知道得并不多。但是阿尔茨海默病的致病机理已经有多种假说提出,其中A沉淀假说较为流行。目前,人们已成功识别了4个与阿尔茨海默病有关的基因,其中有三个是早发性家族性AD基因(APP、PSEN1和PSEN2)和一个晚发性AD风险因子(APOE)。识别更多与AD病相关的候选基因变成为了一项重要的研究。目前,通过计算方法分析由DNA微阵列技术获得的DNA微阵列数据,从而识别与阿尔茨海默病相关的基因已经成为研究AD病成因的一个热点。主成分分析是一种较为有效的数据模型识别方法。聚类分析也是研究事物相似性的一种有效方法。本文将应用这两种方法识别阿尔茨海默病的候选基因。本文通过主成分分析法发现了基因表达数据的一些数据特征。根据这些特征,应用分裂分层聚类法,将共表达基因聚在一起,从而识别出与已知的四个AD基因的共表达基因168个和63个孤立点基因,其中共表达基因中有4个基因被其它的文献证实与阿尔茨海默病有关。从本文的分层聚类效果优于Cluster软件中分层聚类效果,以及4个已被其它文献证实的候选基因可以看出,本文的算法是有效的。通过分析本文识别的候选基因,本文得出了一些关于阿尔茨海默病的可能的致病原因:阿尔茨海默病是因蛋白功能减弱而致细胞凋亡的过程,其中,这些蛋白可能主要位于膜和核上,并且其活性还可能主要与信号转导和调控转录有关。最后,本文还简要分析了其中的7个候选基因潜在的影响。
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