通过外显子组基因测序发现2个MEN1基因突变可导致散发性胰岛素细胞瘤

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目的:胰岛素瘤(insulinoma)又称胰岛β-细胞瘤,是一种以分泌大量胰岛素而引起发作性低血糖症候群为特征的疾病,为器质性低血糖症中较常见的病因。本实验通过采用外显子组测序技术对散发性胰岛素瘤患者的肿瘤组织和血液DNA进行外显子组测序,以筛选获得散发性胰岛素瘤的致病基因突变,为胰岛素瘤的早期筛查和靶向治疗提供新的依据。  方法:  选取河北医科大学第二医院肝胆外科2015年9月至2016年9月期间收治的诊断明确的散发性胰岛素细胞瘤患者3例。首先对肿瘤组织和配对的血液样本进行DNA提取,建库,进行Illumina HiSeq 2500测序。测序完成后使用BWA软件将测序片段与参考基因组进行对比,并使用Picard软件去除PCR-duplication产生的测序序列。参考hg19基因组对3例患者基因测序结果进行SNV和InDel分析后,通过Mutect对配对样本进行体细胞突变预测,而后采用annovar程序结合UCSC Genome Browser的refGene注释信息,对SNV进行注释。最后通过SIFT和polyphen对在exonic区域的SNV突变位点对蛋白翻译的影响进行注释,从而找出基因突变对胰岛素瘤发病的影响。  结果:  1.测序肿瘤组织外显子组,分别得出 INS1,INS2 和 INS3 的104472186,107751402和112709600个reads。对匹配的血液外显子组进行测序,分别得出对 INS1,INS2 和 INS3 的 110592066,98905302 和109660740个reads。  2.将6例样本的测序结果通过BWA软件与hg19基因组进行比对,鉴定出了肿瘤组织的40210,40272和41910个单核苷酸位点变异(SNV),而匹配的血液样品总共鉴定出了41106个,40050个和41451个单核苷酸位点变异(SNV)。3 例患者中有 55 例发生罕见的体细胞突变,其中包括39例非同义突变(nonsynonymous),4例终止突变(stopgain),12例同义突变(synonymous)。其中INS1 MEN1基因外显子4中发现c.C681G /p.Y227X突变,INS2 中MEN1 基因外显子2 中发现 c.G346T:p.E116X突变。而相应的白细胞DNA中不存在突变。  3.经过SIFT和polyphen对研究发现的两个体细胞终止突变(c.C681G/ p.Y227X和c.G346T / p.E116X)进行蛋白翻译的影响注释,发现其影响定位于MEN1功能区,可能导致非功能性基因产物。  结论:  此3例散发性胰岛素瘤病人的外显子组测序发现了MEN1基因中的两个体细胞终止突变(c.C681G / p.Y227X和c.G346T / p.E116X)均可导致 MEN1 基因在翻译早期发生终止突变,MEN1 蛋白明显截断,破坏其功能结构域,进而影响蛋白与组蛋白甲基转移酶 MLL1 的结合。我们认为本实验发现的两处 MEN1 基因突变进而导致非功能性基因产物的产生可能是诱发胰岛素细胞瘤的原因。
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