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双孢蘑菇种类繁多,全世界范围内都有栽培。由于栽培过程中人为的培育和自然杂交,使得双孢蘑菇产生了丰富的遗传多样性。但也使得种间和种内品种间的界线并不十分清晰,增加了双孢蘑菇遗传变异研究的难度。本试验采用CTAB法提取40个双孢蘑菇栽培品种子实体的总DNA,应用随机扩增多态性DNA（RAPD,Random amplified polymorphic DNA）技术研究它们间的遗传多样性与亲缘关系。本研究对氯仿法、氯仿-Tris法、CTAB法三种方法提取的DNA质量与浓度进行比较,结果表明CTAB法提取的DNA最适合RAPD-PCR的要求。试验对RAPD反应中的Taq酶、模板DNA、Mg2+、dNTPs、随机引物的用量进行了逐个优化,建立了双孢蘑菇基因组RAPD分析的最佳反应体系:总反应体积20μL,其中10×buffer 2.0μL、Taq酶1.5 U、模板DNA 80 ng、MgCl2 2.0mmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L,随机引物0.3μmol/L。PCR热循环参数为94℃预变性5 min;94℃变性1 min,44℃退火1min,72℃延伸1 min 50 s,循环40次;最后在72℃延伸7 min。试验共用108个随机引物对40个供试材料进行RAPD-PCR扩增反应,发现有71个引物的RAPD扩增结果稳定、RAPD-PCR产物电泳图谱清晰且具有品种多态性。RAPD-PCR产物电泳图谱中,有DNA条带的用1表示,无条带的用0表示,结果经0-1编码整理后,采用欧氏距离平方系数和组间连接法,应用SPSS11.0 for Windows软件进行聚类分析。聚类分析结果表明:当取欧氏距离平方系数阈值为20时,所有品种分为3个品种群,当取欧氏距离平方系数阈值取5时,40种双孢蘑菇品种可分为6个品种群。这样的分类结果与福建省蘑菇菌种研究推广站以前的同工酶类型研究结果存在一定程度的吻合性。根据双孢蘑菇基因组DNA的RAPD分析,构建了品种特异性DNA指纹图谱,利用这一图谱,可将双孢蘑菇40个品种中的5个品种区别开来。