区域创新效率是区域科技和经济发展水平的集中体现。中国正处在经济转型的重要时期，如何实现中国经济可持续发展是亟待解决的问题。技术创新作为经济发展的内在推动力，越来越得到政府的重视。政府在不断增加创新投入的同时，更应该重视提高创新资源的效率。本文以2005-2012年期间中国大陆30个省（市）级行政区域的有数据为样本，利用SPSS18.0对筛选出的指标进行相关性分析，剔除相关性较高的指标，构建三投入、两产出的创新效率评价指标。并将其按地理位置划分为东中西部地区，分别应用DEA模型和DEA方法中的Malmquist指数方法，考察了东中西部地区的不同省市的技术创新的静态效率、动态效率。研究结果发现：中国区域创新的静态效率处于较好的水平，但是仍存在较大的改进空间；进一步分解指数发现，规模效率并不是限制我国区域创新效率的主要原因，要提升区域创新效率，关键在于提升纯技术效率，而影响纯技术效率的关键因素在于该地区的政策制度和管理方式。中国大部分区域的创新全要素生产率的增长主要的动力是技术进步的推动，而效率改善的作用并不明显；虽然东西中部的全要素生产率存在较大差距，但区域间差距正在缩小，说明我国的区域创新正在趋于收敛。