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史氏鲟（Acipenser schrenckii）是软骨鱼（Chondrichthyes）鲟形目（Acipenseriformes）鲟科（Aeipenseridac）鲟属（Acipenser Linnaeus）鱼类,为黑龙江流域特有的鲟鱼,具有个体大、寿命长、成活率高、病害少、生长速度快等特点,是我国鲟鱼中最具经济价值的珍稀鱼类,人工养殖前景十分广阔。本文利用AFLP技术分析了同属的西伯利亚鲟养殖群体的遗传结构,用7对引物对24尾西伯利亚鲟进行了AFLP分析,每对引物扩增的位点数在2439之间,共扩增出了234个位点,多态性位点为116个,多态性比例为48.83%,平均Nei氏基因多样性指数H为0.4297,平均Shannon氏指数I为0.1233,个体间平均遗传距离为0.1872,表明西伯利亚鲟养殖群体的遗传多样性程度比较低。通过磁珠富集法构建史氏鲟的部分基因组微卫星文库,以放射性同位素[γ32P]标记的探针（GA）12、（CAT）8、（AGAT）6对其中3320个克隆进行杂交筛选,选1200个送出测序,成功测序1136个,得到1048个（阳性率92.25%）含有微卫星序列的克隆。含有微卫星座位1529个,重复数在10次以上的微卫星占65.24%。其中完美型1311个（85.74%）,非完美型55个（3.60%）,混合型163个（10.66%）。依据这些微卫星重复序列的两侧翼序列,使用引物设计软件Primer 3.0设计引物299对,合成200对,以史氏鲟DNA为模板,进行PCR扩增、筛选,结果有100对引物能较好的扩增出特异条带,发现其中16对引物可扩增出多态性产物,可作为其遗传标记。同时还筛选出两个雌性特异的分子标记HLJSX178和HLJSX209,本研究开发的微卫星标记在群体遗传变异分析、保护生物学及种质鉴定等方面有广泛的应用空间。采用高盐和酚氯仿异戊醇（PCI）结合法提取DNA,利用扩增片段长度多态（amplified fragment length polymorphism,AFLP）分子标记,用8个EcoR I-NNN和8个Mse I-NNN组成64对引物,检测史氏鲟雌雄基因组DNA的多态性,筛选与史氏鲟性别相关的分子标记。实验中共扩增出3264条带,筛选出候选差异DNA片段379条。本研究首次尝试在史氏鲟基因组中寻找性别特异的标记。尽管没有找到这样的标记,这些数据也为相关方面的进一步研究提供了有用的信息。