Dravet综合征相关钠通道SCN1A基因3′非翻译区突变(c.*20A>G)的功能分析

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研究背景和目的:  Dravet综合征(Dravet syndrome,DS),一种难治性癫痫性脑病,典型表现为一岁以内生长发育正常的患儿突然出现热性或无热惊厥,以全面性或单侧阵挛或强直阵挛发作起病,以后出现多种发作类型,如肌阵挛发作、不典型失神发作、复杂局灶性发作,影响精神运动发育,常规抗癫痫药物疗效不好,预后差。Dravet综合征的分子遗传学研究显示,70-80%的患者存在钠通道SCN1A基因突变。目前有DS小鼠模型、诱导性多能干细胞(Induced pluripotent stem cells,iPSc)模型证实钠通道SCN1A基因突变导致的钠通道功能受损是主要的致痫机制。但仍约有15%的Dravet综合征患者病因未明。  研究发现,3′非翻译区(3′untranslated region,3′UTR)在mRNA的翻译、亚细胞定位以及稳定性中起重要作用。通过影响RNA结合蛋白、miRNA、非编码RNA等与mRNA3′UTR的结合,在转录后水平影响基因的表达。3′UTR的异常调控将导致蛋白表达异常,从而导致疾病发生。本课题组前期对DS患者进行钠通道SCN1A基因3′UTR突变筛查时发现一个新生突变(NM_006920c.*20 A>G)。本研究拟对钠通道SCN1A基因3 UTR发现的新生突变进行功能分析,探索其在Dravet综合征中的致病机制。  方法:  一、钠通道SCN1A基因3′UTR突变位点的功能分析  1、生物信息学分析:对变异位点采用Vector NTI软件对进行保守性分析,利用RNA structure5.3对SCN1A基因3′UTR突变位点进行RNA二级结构预测。  2、构建双荧光素酶报告基因质粒,转染人畸胎瘤细胞(NT2细胞),检测荧光素酶活性。  3、RNA电泳迁移阻滞实验(RNA Electrophoretic Mobility Shift Assay,RNA-EMSA)分析突变位点对非翻译区序列与细胞质蛋白结合的影响。  4、荧光定量PCR检测突变位点对报告基因mRNA稳定性的影响。  5、RNA-Protein Pull-Down及SDS-PAGE电泳分离与RNA探针结合的NT2细胞质蛋白,Nano LC/MS/MS分析鉴定RNA结合蛋白。结合蛋白EMSA实验进一步证实。  二、GAPDH慢病毒干扰试验  1、构建RNA结合蛋白GAPDH的慢病毒干扰质粒。  2、慢病毒转染人神经母细胞瘤细胞(SH-SY5Y细胞)并筛选稳定细胞株。  3、Western Blot检测SH-SY5Y细胞GAPDH和Nav1.1蛋白表达情况。  结果:  1、突变位点物种间保守性分析结果发现此位点高度保守。RNA二级结构预测发现,该突变位点显著改变RNA二级结构。  2、构建双荧光素酶报告基因重组质粒野生型:psiCHECK2-SCN1A3U(20A)及突变型:psiCHECK2-SCN1A3U(20G),转染NT2细胞。检测相对荧光素酶活性,与野生型相比,突变型相对荧光素酶活性降低30%(t=8.5,P<0.01),该突变位点负性调控报告基因表达。荧光定量检测海肾荧光素酶表达,结果发现与野生型相比,突变型报告基因的mRNA半衰期缩短,突变降低报告基因稳定性。  3、合成生物素标记的野生型(20A)及突变型(20G)RNA探针,与NT2细胞质蛋白进行RNA电泳迁移阻滞实验。结果发现有特异性的NT2细胞质蛋白与突变型结合,与野生型相比,突变型与NT2细胞质蛋白的结合力增加。  4、RNA-Protein Pull-Down及SDS-PAGE分别分离结合蛋白得到一条蛋白条带。经Nano LC/MS/MS分析该蛋白条带可能是甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)。采用纯化的GAPDH蛋白做RNA-EMSA实验发现突变型探针存在特异性阻滞条带,证实此结合蛋白为GAPDH。  5、构建 GAPDH慢病毒干扰的SH-SY5Y稳定细胞株,检测内源性 GAPDH和Nav1.1蛋白。Western Blot结果显示,与空白组和阴性对照组相比,阳性组的GAPDH表达明显下降(P<0.01,n=3);而阳性组的内源性Nav1.1的表达则增加明显(P<0.01,n=3)。  结论:  1、DS患者中发现的钠通道SCN1A基因3′UTR新生突变(c.*20 A>G)是功能性突变。突变导致RNA结合蛋白GAPDH与3′UTR的结合能力增强,影响报告基因mRNA的稳定性,在转录后水平负性调控钠通道SCN1A基因的表达。  2、NM_006920c.*20 A>G突变的致痫机制,可能是通过增强GAPDH与钠通道SCN1A基因3′UTR的结合能力,降低Nav1.1 mRNA稳定性,从而减少Nav1.1的表达,导致单倍剂量不足现象。
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