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猪流感(Swine influenza,SI),是由甲型猪流感病毒(Swine influenza virus,SIV)引发的一种急性接触传染性呼吸道疾病,临床表现为突发咳嗽、呼吸困难、发热、不同年龄、品种和性别的猪均能感染,是当今规模化猪场普遍存在且难以根治的群发性疾病。2012年8月份至2014年3月份,实验室通过对收集至全区各地的猪流感(Swine influenza,SI)的疑似样品进行阳性鉴定,应用鸡胚接种和细胞培养的方法分离出5株SIV,本研究主要通过对这分离得到的5株猪流感病毒分别进行8个片段的全基因扩增后进行NCBI-BLAST比对,结果显示5株分离株分别为2株H3N2亚型和3株 H1N1亚型的SIV。这5株分离株分别命名为A/swine/Guangxi/NN01/2013(H3N2)(简称 NN01株)、A/swine/Guangxi/JG04/2013(H3N2)(简称JG04株)、A/Guangxi/DX24/2 013/DX24/2013(H1N1)(简称DX24株),A/swine/Guangxi/DX31/2013(H1N1)(简称DX31株)以及A/swine/Guangxi/BB2/2013(H1N1)(简称BB2株)。 根据构建基因遗传进化树以及核苷酸同源性的分析结果显示,NN01株的HA基因位于人源 H3N2季节性流感分支,同源性为87.3％-98.7%,与A/swine/Guangxi/NS2783/2010(H3N2)株相近,且其与 JG04株的同源性为99.0%;NA基因也位于人源H3N2季节性流感分支,同源性为90.4%-98.3%,与A/swine/Hong Kong/2503/2011(H3N2)株关系较近,且其与JG04株的同源性为98.7%;其内部基因PB2、PB1、PA、NP、M和NS皆位于pdm/09亚群上,各基因与 pdm/09亚群间的同源性在95.2%-99.6%之间,JG04株的HA基因位于人源H3N2季节性流感分支,同源性为87.3%-98.8%,;NA基因也位于人源 H3N2季节性流感分支,同源性为90.2%-98.0%,内部基因PB2、PB1、PA、NP和M皆位于pdm/09亚群上,各基因与pdm/09亚群间的同源性在96.1%-99.1%之间,NS基因则位于古典猪流感谱系,同源性在90.9%-95.0%之间;DX24与DX31毒株8个基因皆位于pdm/09亚群,各基因与 pdm/09亚群间的同源性在95.5%-99.2%之间,与芬兰地区2012-2013年间的pdm/09毒株关系最为密切;BB2株8个基因皆位于欧洲类禽H1N1SIV谱系,同源在87.1%-99.7%之间,各基因均与江苏地区的欧洲类禽H1N1SIV关系最为密切。 可知,NN01株和JG04株都具有类似于北美三源重配 SIV的TRIG(Triple reassortant internal gene,TRIG)盒的特点,NN01株为外部基因(HA和NA)来源于人源季节性流感,内部基因(PB2、PB1、PA、NP、M和NS)来源于pdm/09毒株的三源重配H3N2亚型SIV;JG04株为外部基因(HA和NA)来源于人源季节性流感,内部基因中的PB2、PB1、PA、NP、M来源于 pdm/09毒株以及 NS基因来源于古典猪流感病毒的三源重配H3N2亚型SIV;DX24和DX31毒株全基因8个均来自人源pdm/09毒株;BB2是全基因8个片断均来源于欧洲类禽猪流感毒株的H1N1亚型SIV。 对5株SIV分离株各基因氨基酸序列关键位点进行分析后发现,5株毒株的PB2氨基酸序列的宿主相关保守位点中,第627aa均为E(Glu),说明这5株PB2基因均来源于禽,且JG04株其PB2基因为T588I,这一突变与增强毒力有关;另外,5株分离株皆含有截断的PB1-F2蛋白,其具体作用仍未清楚。5株病毒株其 HA蛋白受体结合位点均发生了 E190D和G225E/D(以H3为标准)的变异,表明都可以与SAα-2,6-Gal受体结合,其在HA裂解位点上都只存在1个R残基,属于低致病性毒株的HA氨基酸特征;结合5株病毒在NS1蛋白上92aa都为D,且都没有PDZ功能域的相关序列,推测5株病毒都是属于低致病性毒株。 NN01和JG03在NA基因氨基酸序列274aa上为H(以N2为标准),DX24、DX31和BB2这3株分离株在这一位点上为均为275H(N1为标准),均具有耐Oseltamivir的特性。而5株分离株在M2蛋白上均存在S31N的突变,说明均对金刚烷胺类药物具有耐药性。