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PCBs对动物的皮肤、肝脏、神经系统、生殖系统、免疫系统等多个器官系统存在强烈的致病毒性,并且因其稳定性高,难以降解,对生态环境有极大威胁。红树蚬(Polymesoda erosa)为红树林区内优势贝类之一,不进行长距离迁移,易对污染物进行富集,是研究毒理学的理想生物。本文以红树蚬为研究对象,通过分析其COI基因和16SrRNA基因在分子水平确定它的分类地位,利用高通量测序技术分析PCBs胁迫后其肝胰腺和鳃组织的转录组特征,应用geNorm、NormFinder和BestKeeper软件分析筛选内参基因,实时荧光定量PCR检验转录组测序的准确性,并初步探讨与氧化磷酸化相关基因作为生物标志物的可能性。本研究的结果如下：(1)蚬科24个物种COI基因的同源序列长373bp,变异位点150个,占40.2%；16SrRNA同源序列长度为393bp,但是变异位点110个,比例为27.9%,说明C0I基因蕴含更加丰富的遗传变异方面的信息,具备比16SrRNA基因更加强大的分子系统学分析潜质。Polymesoda erosa与Geloina erosa的遗传距离最小,为11.4%；系统发育树中都是与Geloina erosa、Geloina expansa成单独一分支,说明分子系统分类结果与早期的分类学专著一致,支持红树蚬使用Geloina coaxans这一学名,将其归于硬壳蚬属(Geloina)。(2) geNorm软件分析结果β-actin表达最稳定。NormFinder软件分析结果外套膜、鳃和肝胰腺组织中β-actin的稳定性最好,闭壳肌组织中β-actinC0.454)表达稳定性略微低于a-tubulin(0.425)排第二位。BestKeeper软件分析结果外套膜和鳃组织中β-actin最稳定,肝胰腺和闭壳肌组织中GAPDH最稳定,β-actin排位第二位。因此,PCBs胁迫下红树蚬外套膜、鳃、闭壳肌和肝胰腺组织中β-actin表达稳定,适合作为内参基因用于qRT-PCR。(3)转录组测序结果显示本研究所选择的8个目的基因在肝胰腺、鳃组织内为富集上调表达,实时荧光定量验证结果与转录组测序总体趋势一致,但上调倍数略有差异,表明转录组测序结果准确可信。并发现线粒体内与氧化磷酸化相关的基因对PCBs的响应敏感,可做进一步研究探索它们作为生物标志物的潜力。