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从5个天然群体(安徽黄山市清凉峰、江西上饶市三清山、安徽安庆市天柱山、安徽安庆市鹞落坪、安徽六安市万佛山)采集珍珠黄杨样本,以改良CTAB法从珍珠黄杨叶片中制备模板DNA,优化了PCR循环参数,建立了RAPD-PCR扩增的最佳反应体系,筛选出能扩增多态性片段较多且扩增稳定的21条RAPD引物,分别对162个珍珠黄杨个体的基因组DNA进行扩增,对珍珠黄杨群体的遗传多样性和遗传结构进行了研究。筛选并建立了适合于珍珠黄杨RAPD扩增的反应体系:反应总体积20μL,其中30ng模板DNA,2.5mmol/LMgCl2,0.5μmol/L引物,200μmol/LdNTP,1.5UTaqDNA聚合酶,2μL 10×buffer。扩增程序为:94℃预变性5min;94℃变性40s,36℃退火30s,72℃延伸2min,循环39次;最后在72℃延伸5min。对400条RAPD引物进行了筛选,筛选出的21条随机引物共扩增检测到209个位点,其中多态位点167个,占79.9%。用POPGEN1.31版软件对数据进行分析,结果显示:Nei’s基因多样度(h)及Shannon多样性指数(I)分别为0.2946和0.4343,表明遗传多样性水平很高;5个群体中三清山群体(SQ)遗传多样性水平最高(PPB=66.03%, h =0.2390, I=0.3547),天柱山群体次之(PPB=63.16%、h = 0.2227、I = 0.3311);对珍珠黄杨种级水平的RAPD检测表明,每个位点的等位基因数(A )为1.799,有效等位基因数(Ae)为1.5184,群体总遗传多样度(Ht)为0.2978,群体内遗传多样度(Hs)为0.2197;基因分化系数(Gst)达到了0.2623,基因流(Nm)为1.4065,说明虽然珍珠黄杨大部分变异存在于群体内,但是由于珍珠黄杨的星散状分布受小种群效应影响,缺乏有效的基因流,致使群体间遗传变异占到了总变异的26.23%。研究结果表明5个群体的相似度很高,均在0.83以上,其中天柱山群体(TZ)与鹞落坪群体(YL)之间的遗传相似最大为0.9374。鹞落坪群体(YL)与清凉峰群体(QL)之间的遗传相似最小为0.8355。用TFPGA软件按照Nei(1978)无偏遗传距离计算方法进行不加权平均聚类分析(UPGMA),将5个珍珠黄杨天然群体分为2大类群体,即三清山群体(SQ)和清凉峰群体(QL)聚为一类,万佛山群体(WF)、鹞落坪群体(YL)和天柱山群体(TZ)为一类。通过计算5个群体间的遗传距离和相似性显示群体间的遗传距离与相互间的地理距离不显著相关。鉴于珍珠黄杨对生境改变适应性差和对人为干扰敏感,群落稳定性在珍珠黄杨群体遗传多样性保护中的特殊地位,建议在制定珍珠黄杨遗传多样性保育和取样策略应以就地保护为主,把三清山群体(SQ)和天柱山群体(TZ)划入自然保护区的保护范围,对其生存空间进行长期、有效的保护。另一方面,在群体间进行植株和幼苗的相互移栽,以提高群体间的基因交流,最大限度保护珍珠黄杨的遗传多样性。迁地保育时,应在群体内加大取样单株的数量。