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开展马氏珠母贝的遗传育种，培育出优良的养殖品种，从而提高海水珍珠质量，使海水珍珠产业能健康持续地发展一直是业内人士的共同心愿。本文采用ISSR分子标记技术与同工酶技术对马氏珠母贝的选育系和非选育群体进行遗传结构分析，以期为马氏珠母贝优良品种的培育提供参考依据。本文得到如下结果：
1、黄壳色选育群体(YL)与非选育群体(CL)的ISSR分析显示：(1)8条引物共获得扩增DNA条带数为61条，其中58个片段呈多态性，多态位点比率为95.08％；YL群体具有53条多态性片段，多态位点比率为86.89％；CL具有55条多态性片段，多态位点比率为90.16％。(2)群体间遗传分化系数Gst为3.75％；(3)两个群体间的遗传距离为0.0447，遗传相似度为0.9563；(4)两个群体都表现出丰富的遗传变异，YL群体的为0.3587，CL群体遗传多样性指数0.3598。
2、黄壳色选育系的大规格群体(large size group，LG)与小规格群体(smallsize group，SG)的ISSR分析结果表明：(1)8条引物共扩增出69条谱带，其中63个片段呈现多态性，多态位点比率为91.30％：LG具有60条多态性片段，多态位点比率为86.96％，SG具有63条多态性片段，多态位点比率为91.30％。(2)POPGENE分析数据得到群体间遗传分化系数Gst为1.79％，两个群体间的遗传距离为0.0300，遗传相似度为0.9701。(3)两个群体都表现出丰富的遗传变异，LG多样性指数0.3270群体的为0.3684。
3、四个壳色系(黑、白、红、黄)三个幼虫期(D形幼虫期、早期壳顶幼虫期和附着变态幼虫期)的10种同工酶(EST、LDH、ADH、MDH、ME、CAT、SOD、G6PDH、PGI、IDH)分析结果表明：(1)早期壳顶幼虫期的MDH谱带存在位点数目以及酶活性上的差异，黑壳色系出现1条带，由1个位点编码，其它三个壳色系都出现2条带，由2个位点编码；红壳色系的2条带和白壳色系的1条带为活性较强的一级带，黄壳色系则出现1条活性较弱的三级带。(2)ME谱带只出现在红壳色系早期壳顶幼虫期，活性较强；(3)其它8种酶未发现差异。