海洋保护区制度虽说是一个新兴的环境法话题,但在国际自然保护联盟的长年宣传和努力推广之下,这一新兴概念已逐步被世界各国所承认和接收,已成为当代海洋生态环境保护和管理的主要工具。当前对南海海洋保护区制度的研究仍处于初创阶段。结合南海法律问题这一研究热点,考虑到南海海域特殊的自然条件和复杂的国际形势,南海海洋保护区制度研究有着其特殊的政治目的、生态意义和学术价值。对于我国南海海洋保护区制度的探讨,全文共分为三个部分：第一部分是关于海洋保护区定义、功能以及我国在南海设立海洋保护区的价值和依据的探讨。海洋保护区是依照法律及相关政策等强制性规定管理,划设的某一以海洋生态环境保护与保育或海洋资源养护为目的的特殊管理区域,包括海洋和海岸区域,其功能包括生物多样性保护、海洋自然资源保育、科学研究以及海洋生态环境教育等众多方面。依据我国《领海和毗连区法》以及1982年《联合国海洋法公约》等国内法和国际公约,我国在南海建立海洋保护区有充分的依据,而在南海建立海洋保护区的价值在于维护南海海洋权益以及保护南海海洋生态环境和海洋资源。第二部分是对海洋保护区制度的国际法规范和外国法考察。通过梳理海洋保护区制度的发展沿革以及相关国际公约规范的内容规定,可以看出未来海洋保护区之网络化、综合化以及区域化的发展趋势。在美国、澳大利亚以及菲律宾、越南、马来西亚以及印度尼西亚等南海周边国家海洋保护区制度实施的经验中,譬如设立统一的海洋保护区专责管理机关、澳大利亚的分区管理制度和利用“特殊敏感海域”的规定,注重公众利益保护和公众参与以及加强海洋保护区的国际合作等一些制度措施都值得我国借鉴和学习。第三部分是关于我国海洋保护区制度在南海海域的不适应性以及完善建议的论述。面对我国管辖下的南海这一形势复杂的特殊海域,我国海洋保护区制度在分区管理、选址规划、船舶污染控制、执法管理以及国家/区域合作等方面存在一定的不适应性。因此,我国应整合完善现有海洋保护区制度以制定南海海洋保护区专门法规,充分发挥地级三沙市在南海海洋保护区建设管理中的作用,同时还应完善海洋保护区选址规划制度以建立海洋保护区网络；完善分区管理制度,对海洋保护区进行更为详细的分区；借助特别敏感海域的规定对保护区船舶进行航行管制,防止船舶污染；加强管理执法制度,试行两岸联合执法;构建低敏感领域国际合作制度等,加强南海管辖,宣示国家主权,保护南海生物多样和南海生态环境,促进南海的可持续发展。