目前,我国国防科研管理工作中存在着项目经费超概算、延期、监管力度小等问题,这些问题在一定程度上降低了国防科研投资的配置效率。经过研究发现,科研工作中的信息不对称是造成这些问题的重要原因。一般来讲,一个完整的国防科研投资过程一般分为决策、执行两个阶段,本文通过对这两个阶段的分析,找出每个阶段信息不对称产生的根源,明确信息不对称是如何影响国防科研投资配置效率的。本文从信息不对称角度出发,运用信息经济学的相关理论,研究投资者(军方)与国防科研机构之间的利益博弈。军队为信息劣势的一方,即委托人;国防科研机构为信息优势的一方,即代理人。根据信息经济学和博弈论,信息不对称导致委托人逆向选择代理人以及代理人道德风险问题,从而导致市场缺乏效率。本文解决的核心问题是军方如何克服逆向选择及道德风险等代理问题使自己的收益得到最大化。本文对军队与国防科研机构之间的委托代理关系进行模型化,较为系统、全面的研究风险投资中的代理风险,利用定量的方法来分析、解决军方与国防科研机构之间的代理问题。并提出利用契约条款对国防科研机构进行激励、约束;用定量方法证明相对业绩比较、分阶段投资等显性激励机制对国防科研机构具有很好的激励作用;采用模糊数学方法设计出一套对国防科研机构能力的评价体系来解决国防科研机构的道德风险问题。