农业初始水权分配是流域农业水资源管理和开发利用的重要手段；明晰流域农业初始水权,使农业水权分配结果被农户普遍接受,是有效解决农业用水利益冲突的基本途径。同时,也是促进水权从流域到区域、区域到行业合理分配的前提。因此,农业初始水权的合理分配是建设资源节约型和环境友好型社会及促进社会和谐发展的重要举措。本文将流域初始水权合理分配与流域水资源的高效利用、社会经济的发展和生态环境的保护相结合,通过构建科层式流域水权结构体系、农业水权体系和水权客体体系对流域初始水权进行逐层分配,具体分为三个层次：第一层次是初始水权在流域内各区域上的分配；第二层次是当流域初始水权分配到区域后,各区域向区域内的各行业分配水权；第三层次是在区域初始水权分配到各行业后,各行业内分配水权,针对农业水权而言,由农业部门向农户分配水权。针对以上的三个层次,本文构建了一套流域初始水权分配方法和合理性评价方法。第一层次采用“熵权法+TOPSIS"的方法,通过构建指标体系得出各区域的配水比例。第二层次采用多目标规划模型,建立目标函数,可得到各行业分配的水权量。第三层次采用平均实际亩用水量分配模型,将灌溉面积分为二轮承包土地面积和非二轮承包土地面积两种。最后,通过三个层次对水资源的利用率、社会经济的发展和生态环境的保护对其合理性进行评价。