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多足动物门唇足纲动物的系统发牛学和谱系年代学分析对探讨节肢动物的登陆和演化具有重要意义。由于牛态环境和沉积条件的影响，唇足纲动物的化石记录很缺乏。本文根据新测的16个唇足纲物种的18S rRNA全长序列、28S rRNA近全长序列以及7个物种的CO1部分序列，结合GenBank中已有的相关序列，在分子水平上探讨唇足纲内部各主要类群的谱系关系，特别聚焦蜈蚣目内部的系统关系，并结合化石记录，用宽松分子钟方法对唇足纲主要类群的谱系发育年代学进行了探索性分析。分子系统学分析结果显示基于核rRNA序列和线粒体蛋白编码基因CO1的核苷酸序列和氨基酸序列的多种系统发牛分析(BI、MP、NJ和PhyML)均支持唇足纲分为背气门亚纲和侧气门亚纲，杯蜈蚣目是其他侧气门类的姐妹群，盲蜈蚣科是单系群，意味着盲蜈蚣科眼睛的丢失只发牛一次，其内部关系为(Scolopocyptops+Cyptops)+Theatops。蜈蚣目、地蜈蚣目和石蜈蚣目的系统关系仍不明确。谱系年代学分析显示，唇足纲内部背气门亚纲(蚰蜒目)和侧气门亚纲(其余四目)的分歧演化时间大约是晚奥陶世(估计均值：458Ma；0.95置信区间：424～486Ma；下同)，侧气门亚纲内部的分歧演化时间大约为志留纪早期(430Ma；313～446Ma)。除杯蜈蚣目之外的其他侧气门类大约起源于晚泥盆世(368Ma；313～418Ma)。蜈蚣目的起源演化时间大约是石炭纪(312Ma；248～368Ma)，地蜈蚣目的起源演化时间大约是石炭纪(313Ma；235～376Ma)，石蜈蚣目的起源演化时间大约为三叠纪(228Ma；145～305Ma)。唇足纲内部各类群的起源时间从奥陶纪晚期持续至三叠纪，不支持分子系统学关于多足动物目级阶元存在辐射演化的假说。