论文部分内容阅读
本研究从广东佛山某鸭场具有体温升高(达43℃以上)、肿头、流泪、软脚、拉绿色稀粪等临床症状的患病番鸭中分离到一株病毒，通过动物回归试验证实其为该病的病原。血凝试验、血凝抑制试验、RT-PCR检测及致病性试验结果表明，该病毒是一株中等毒力的新城疫病毒(MTD为66h，ICPI为0.6，IVPI为0.4)，它可引起雏番鸭发生肝出血性坏死、固膜性肠炎以及心、胰、脾、肾、肺、脑等多器官的局灶性病变。
根据GenBank发表新城疫病毒的基因序列，设计相关引物并通过RT-PCR成功获得分离病毒全基因组序列。通过测序及序列分析，结果表明，所分离的鸭源新城疫病毒基因组全长为15192nt，其中包含6个开放阅读框，从cDNA5’～3’方向各开放阅读框长度分别为：1470nt、1188nt、1095nt、1662nt、1716nt和6615nt，预计分别编码NP蛋白(489aa)、P蛋白(395aa)、M蛋白(364aa)、F蛋白(553aa)、HN蛋白(571aa)和L蛋白(2204aa)。基因组3Leader由55个核苷酸组成，5Trailer由114个核苷酸组成。在3Leader与5Trailer末端存在12个碱基的反向互补序列。
在P基因核苷酸的484位存在mRNA编辑位点(AAAAAGG↓ G)，当插入一个和两个非病毒序列G时，推测分别可产生长度为239aa的V蛋白含和长度为227aa的W蛋白。
该病毒的F蛋白上存在6个潜在的N—糖基化位点，分别位于第85(NRT)、191(NNT)、366(NTS)、447(NIS)、471(NNS)和541(NNT)位。F蛋白的第25、27、76、199、338、347、362、370、394、399、401、424和523位存在半胱氨酸残基。其112～117位氨基酸序列为：RRQKRF，符合NDV强毒株的F0蛋白裂解位点(R/K—R—Q—K/R—R—F)序列。通过对F基因1～374nt的基因分型结果及F蛋白氨基酸序列的系统进化分析，判定分离株属于基因Ⅵ型。
对HN蛋白推导氨基酸序列的分析表明，HN蛋白存在5个潜在N—糖基化位点，分别位于第119(NNS)、341(NNT)、433(NKT)、481(NHT)和508(NIS)位。
通过对分离株与新城疫参考毒株的3Leader、5Trailer、基因间隔区核苷酸序列以及各基因氨基酸推导序列进行相似性和遗传进化关系研究，结果表明分离毒株与鸽源新城疫IT—227、Italy—2736分离株具有较高相似性和较近的亲缘关系且它们均属于基因Ⅵ型。推测所分离的鸭源新城疫病毒可能是由鸽源新城疫病毒变异所产生的。