近年来，各种非政府组织在全球化浪潮的影响下已经成为当代各国发展一支重要的发展力量，不仅对传统的国际秩序和国际关系带来巨大冲击，也对各国国内政治、经济、文化、社会发展起日益重要的推动作用。而我国在改革开放政策的推动下，政治、经济、社会生活上的各种改革进程明显加快，政府权力运作方式发生了良好改善，为我国各类民间组织和非政府组织的发展创造了有利条件，非政府组织的数量日益增加，活动范围和影响也越来越大，其中与高校的合作也是其中重要的组成部分。　　 目前，中国高校在国家政策环境下，各方面都受到来自政府纵向和横向的直接或间接管理，基于政府的行政管理要求，高校必须对进入本校活动和与本校合作的非政府组织进行比较严格的管理；同时，站在争取更多资源和服务师生的角度上，高校也需要与非政府组织开展更密切的互动合作。因此，高校急需建立起既科学又人性化的管理和服务体制，以促进高校与非政府组织之间的良好合作。但由于非政府组织自身背景的复杂性、政府对非政府组织管理存在不少问题、高校自身行政管理体制上的缺陷等原因，对如何管理在校活动的非政府组织，目前高校存在着不少问题，突显了许多有待突破的困境。　　 本研究采用实证研究方法，通过对广东多所高校师生和管理人员以及一些非政府组织成员的问卷调查和访谈，总体介绍了目前非政府组织在广东高校的活动状况和广东高校对非政府组织的管理现状，通过剖析非政府组织的背景、目前国内政府对非政府组织管理现状以及高校自身的管理体制等三大问题根源，全面揭示了当前广东高校对非政府组织的管理困境，提出了当前高校走出管理困境的有效对策和高校与非政府组织之间构建互动合作关系的新模式。