蛋鸡首次产蛋前后小肠转录组可变剪接分析

来源 :山西农业大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:harvy_chen
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蛋鸡在产蛋期间的生理机能会有显著变化来满足鸡蛋中各种营养成分的沉积。小肠是家禽营养物质消化和吸收的主要场所。可变剪接是m RNA前体通过不同剪接位点选择组合产生成熟m RNA的过程,具有组织和发育时期特异性。因此,本研究以白来航蛋鸡为研究对象,获得首次产蛋前一周与产蛋后一周的十二指肠、空肠和回肠的转录组数据,应用Hisat2软件比对到鸡全基因序列上,使用r MATS软件分析十二指肠、空肠和回肠在首次产蛋前和产蛋后两个时期以及小肠首次产蛋前后的差异可变剪接情况,得到差异剪接基因,进行功能富集分析,对富集到的基因进行基因表达量分析。本研究结果如下:(1)首次产蛋前一周,十二指肠和空肠共鉴定16401个可变剪接事件,涉及7366个基因,其中有136个差异剪接基因,富集到与有丝分裂相关的生物学过程。十二指肠和回肠组共有19009个可变剪接事件以及7249个基因,其中有412个差异剪接基因,磷脂酰肌醇代谢等生物学过程被富集到。空肠与回肠组可变剪接事件和基因的数量分别为:18411个和7179个,其中有342个差异剪接基因,富集到与脂质代谢相关的生物学过程。首次产蛋后一周,十二指肠和空肠共鉴定15011个可变剪接事件和6372个基因,其中有差异剪接基因134个,蛋白质代谢等生物学过程被富集。十二指肠和回肠在16905个可变剪接事件和6657个基因中共有277个差异剪接基因,并富集到沿微管运输等生物学过程。空肠与回肠共有16629个可变剪接事件,涉及6747个基因,其中共有169个差异剪接基因,单糖生物合成等生物学过程被富集到。(2)十二指肠在首次产蛋前一周和产蛋后一周共鉴定17645个可变剪接事件,涉及6952个基因,其中有296个差异剪接基因。空肠首次产蛋前后共有17630个可变剪接事件和6940个基因,其中有206个差异剪接基因。回肠组在17603个可变剪接事件和6994个基因中共有192个差异剪接基因。经GO功能富集后,十二指肠和空肠首次产蛋前后的差异剪接基因被富集到沿微管运输和与有丝分裂相关的生物学过程。回肠的差异剪接基因被富集到与肠道神经活动相关的生物学过程。经KEGG分析后,空肠富集到的色氨酸代谢、细胞周期、果糖和甘露糖代谢、过氧化物酶体、醚脂质代谢、脂肪酸代谢6条代谢通路共包括20个差异剪接基因,其基因表达量并未出现显著的变化。
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