鹅掌楸遗传资源有的已经丢失,要对现有天然群体进行科学保护和合理利用,必须首先弄清其种内遗传多样性和遗传分化,为种质资源保护和该树种的遗传改良提供理论依据和基础材料。本研究运用ISSR分子标记技术对20个不同地理种源的鹅掌楸进行了遗传分析研究结果如下：1.鹅掌楸ISSR-PCR反应体系的建立：本实验采用了CTAB法2提取各个样品的植物基因组DNA,并对ISSR反应程序中的一些重要参数进行了摸索和优化,建立了稳定的、适用于鹅掌楸遗传多样性研究的ISSR-PCR反应体系。经过优化后的反应体系为：20μL总体系中,含30 ng模板DNA.0.3μmol·.L-1随机引物、0.2 mmol·L-1 dNTPs、1.4 mmol.L-1Mg2+、0.4 U Taq DNA聚合酶。最佳扩增条件为1)预变性：94℃,5 min；2)变性：94℃,1 min,3)退火：50-56℃,45 s,4)延伸：72℃,2 min；共45个循环；最后72℃延伸7 mmin。2.鹅掌楸群体遗传多样性分析：应用ISSR分子标记技术对20个地理种源共200个个体进行了遗传多样性分析。从70条引物中筛选出8条引物。8条引物共扩增到70个位点,其中43个是多态性位点,总的多态性位点百分率(P)为61.43%。Nei’s基因多样性指数(H)为0.1717,Shannon多态性信息指数(Ⅰ)为0.2722。20个不同种源的遗传多样性水平差异不大。群体多态性位点百分率在49.87%-79.32%之间,Nei’s基因多样性指数为0.1262-0.1876,Shannon多态性信息指数为0.1915-0.6173。20个群体间的遗传分化系数Gst为0.6173,说明群体间存在一定程度的遗传分化。3.鹅掌楸群体聚类分析：根据Nei’s遗传距离进行了UPGMA聚类分析的结果为,北美鹅掌楸5个种源聚为一类；中国鹅掌楸可以聚为三个主要类群,即南部地区、北部地区和中心地区。