本文采用微卫星标记技术，选用27个位点，对山东四个地方山羊品种（济宁青山羊，崂山奶山羊，鲁北白山羊，莱芜黑山羊）进行了遗传多样性评价，通过计算遗传杂合度，多态信息含量，哈代温伯平衡的卡方值，不同品种的优势等位基因和特异等位基因频率，遗传分化系数，近交系数，同源基因个数，群体间的基因流动，微卫星位点的中性突变和群体内的杂合度，四个山羊品种的奈氏遗传距离和奈氏标准遗传距离，对四个山羊品种的群体结构进行了分析，并且对与生长性状相关的16个微卫星位点进行了相关性分析，找到了与生长性状紧密相关的微卫星位点。具体结果如下： 1 四个山羊品种的遗传分化系数（Gst）较高平均达到0.302927，说明0.697073的遗传变异发生在群体内，但是群体间的变异也较高。平均F_ST为0.230385，说明0.769615的总遗传变异是由于群体内的遗传分化。近交系数（Fis）最小的为济宁青山羊（0.216115），说明四个山羊品种种内近交严重。 2 崂山奶山羊，莱芜黑山羊，济宁青山羊，鲁北白山羊四个山羊群体的杂合度分别为：0.．302366、0.493576、0.539375、0.582329。 3 找到了不同群体的优势等位基因和特有等位基因。优势等位基因体现了群体特征，稀有等位基因具有较大的经济价值。 4 找到了不同群体间的同源基因，并且分析了不同群体的基因流动情况，Nm值的变化从崂山奶山羊与济宁青山羊两个群体的0.4492到济宁青山羊与鲁北白山羊两个群体的1.4284。 5 利用DISPAN计算的四个品种的遗传距离为：济宁青山羊与鲁北白山羊为一类，其次为莱芜黑山羊，距离最远的是崂山奶山羊。这个结果与不同群体间的基因流动值和同源基因个数相符合。 6 四个山羊品种不同位点的多态信息含量（PIC）普遍较高，大部分大于0.5，表明选用的位点能较好的体现四个山羊品种的遗传多样性。 7 四个山羊品种的群体结构检测表明，本试验所选用的27个微卫星位点大部分处于哈代温伯不平衡状态，这可能与群体的数量和采样有关。 8 用SAS6.12软件对与生产性状相关的16位点进行了方差分析，分析得出与生长发育性状相关的六个微卫星位点，分别为：BMS1724，BMS1943，BMS1290，BM6404，BM1818，MAF70。并且找到了每个位点对具体性状有正负效应的等位基因。