随着我国经济的飞速发展和城镇化的深入推进,在家庭承包制的基础上如何实现农户承包地规范有序流转成为各级政府关注的重点,而农村土地股份合作社因在运行中能较好的保障农民权益和稳定农户承包经营权从而逐渐被中央和地方各级政府肯定和重视,并在法律法规上予以肯定和规范。但在农地股份合作社的运行过程中,很多地区农地股份合作社的发展过程中出现运行停滞、经营困难的情况,甚至发生了已成立的农地股份合作社已经倒闭或者事实上处于倒闭状态的现象。因此通过理论和实践分析农地股份合作社运行机制目前存在的主要问题及产生原因,并提出优化其运行机制的治理思路和措施成为当下亟待解决的问题。尽管国际学术界对合作社内涵和原则的研究很多,但对于农地股份合作社这种具有中国特色和时代特色的新型合作社形式鲜有研究。而在国内学者多从股权形式、利益分配和农户满意度等角度宏观描述农地股份合作社的运行机制现状,没有深入的分析运行机制产生问题的内在机理,而且现有研究很少对村委会、政府、客户等这些合作社的外部主体对农地股份合作社的影响进行分析,这使得对农地股份合作社运行机制的研究不够全面和彻底。为解决目前学界对农地股份合作社存在问题和治理思路方面缺少深入分析的问题,本文以利益相关者的行为选择为视角,通过利益相关者理论、行为科学理论和新制度经济学的相关理论,从理论上分析了当前农地股份合作社利益相关者的构成和分类,认为农地股份合作社的利益相关者包括普通社员、管理层、经营者、村委会、政府、客户、供应商、相关经济组织和未入股农户等9项,并依据这些利益相关者对农地股份合作社影响力、紧密性及行为目标的不同,将其归并为“核心型”、“蛰伏型”和“边缘型”这三种类型,并详细分析了他们的行为目标,从而探讨了农地股份合作社运行机制出现问题的可能原因,并提出了相应的治理思路。接着,本文通过对江苏省23家农地股份合作社的实地调研,描述了江苏省农地股份合作社的运行现状,并从股权和融资机制、管理机制和分配机制三个方面分析了当前农地股份合作社运行机制存在的问题,同时以利益相关者行为选择的研究视角,深入分析了这些问题产生的内在原因。然后结合“平台型”和“标准型”农地股份合作社的典型案例,借鉴这两个案例的治理经验,本文分别对这两种类型的农地股份合作社提出了完善其运行机制的治理措施,认为解决相关问题需要从激励和约束利益相关者的行为、完善利益相关者实现目标的路径和协调利益相关者之间的矛盾冲突三个方面入手,具体的解决对策需要针对不同类型有区别的进行治理:对于“平台型”农地股份合作社而言,由于经济基础薄弱,难以延长产业链扩大自身收益,因此可以通过明确权责的方式完善合作社管理层的激励机制,同时协调好核心型利益相关者的利益冲突,在分配机制中在保障普通社员利益的前提下尽量提高经营者的收益,防止经营者无法承担过高的租金成本。对于“标准型”农地股份合作社而言,需要通过股权和融资机制增强对蛰伏型利益相关者的吸引力,从而吸引更多资源向合作社汇聚。