杜鹃花属（Rhododendron）是木本开花植物中物种最丰富的大属之一,也是重要的园林应用和水土保持植物。有“杜鹃花之乡”之称的神农架,杜鹃花属种质资源研究报道较少。本研究对神农架杜鹃花属种质资源进行调查,并对采自神农架的3亚属11种（包括变种）杜鹃花,通过层次分析法评价杜鹃花属的观赏价值,为其引种、应用提供选择依据;基于SSR分子标记和全基因组重测序,分析杜鹃花属的遗传多样性、系统发育,为引种和育种亲本选择奠定基础。本研究得到以下结果:（1）通过层次分析法,构建了杜鹃花属评价体系。12个具体评价指标,按照权重大小排序为:花色＞花丰满度＞花形＞开花物候期＞花序着生花朵数＞花径＞株型＞芳香性＞叶丰满度＞成叶大小＞成叶叶色＞生活型。神农架采集的11种杜鹃花的观赏价值得分范围在1.9258-3.9056,分为3个等级,第Ⅰ级（＞3.61分）:粉红杜鹃、映山红、四川杜鹃。第Ⅱ级（3.31-3.60分）:云锦杜鹃、锦绣杜鹃、喇叭杜鹃、鄂西杜鹃、秀雅杜鹃,第Ⅲ级（＜3.30分）:粉白杜鹃、满山红、毛肋杜鹃。（2）基于SSR分子标记分析神农架11种（包括变种）杜鹃花的遗传多样性和遗传结构。从35对引物中选取了12对高度多态性的引物进行荧光毛细管电泳,平均等位基因数（Na）和有效等位基因数（Ne）的范围分别在2.0833-14.3333和1.9536-9.0000,Shannon多样性指数（I）和Nei’s期望杂合度（H）范围分别在0.5827-2.2884和0.3704-0.8529,观测杂合度（Ho）和期望杂合度（He）的范围分别在0.5000-0.8417和0.4444-0.8850,遗传多样性高度丰富。分别有16.36%、34.55%、49.09%的种群间处于高度、中度、低等程度的遗传分化,遗传变异主要发生在种内部。Structure分析与种群主坐标分析将11种杜鹃花分为2个支系最合理,粉红杜鹃单独分为1个支系,其他杜鹃花为另外1个支系。在UPGMA树中常绿杜鹃亚属聚成一支,映山红亚属的锦绣杜鹃和映山红聚成一支,映山红亚属的满山红和杜鹃亚属的2个种聚在常绿杜鹃亚属分支。（3）基于重测序分析神农架3个亚属10种（包括变种）杜鹃花的遗传结构,主坐标分析常绿杜鹃亚属和映山红亚属聚成2个支系,杜鹃亚属单独聚成1个支系。Structure分析将10种杜鹃花分为4个类群,将常绿杜鹃亚属的5个种分为2个支系。ML系统发育树中,常绿杜鹃亚属、杜鹃亚属各自聚成一支,映山红亚属的3个种分别独自聚成一支。原始类群最先分化出映山红亚属,常绿杜鹃亚属是较年轻的亚属。