番茄(Solanum lycopersicum L.)是世界上重要的栽培蔬菜和生物学研究的模式植物之一。由于番茄严格自花授粉,经过长期栽培驯化和演变中的瓶颈效应,番茄的遗传背景逐渐狭窄,通过番茄种质资源的收集和加强对现有番茄的系统研究,有利于改善和丰富番茄遗传多样性。本研究选取多态信息含量(PIC)高的34对引物对收集的139份番茄种质资源进行遗传多样性分析,选取16个易于区分的农艺性状对86份具有全部农艺性状的供试材料进行了表型分析,并构建了番茄品种InDel指纹图谱,主要研究结果如下:1.基于InDel标记和农艺性状得到番茄种质资源的主成分分析图和聚类分析图,根据各番茄种质的亲缘关系远近,为育种学家提供组合优势判断,指导下一步的杂交育种工作。主成分分析和聚类分析结果表明,PCA和UPGMA分析是研究番茄种质资源遗传多样性的有效工具。2.16个农艺性状间的皮尔逊相关系数表明,果实重量与果肉厚度和心室数呈极显著正相关。86份番茄种质资源的16个农艺性状与34个InDel标记之间的相关性表明,共有13个引物位点与5个果实性状相关,可用于番茄果实性状的标记辅助育种。3.利用5对InDel引物组合构建了19份上海地区主要栽培番茄品种的指纹图谱。从而有利于快速准确地进行品种鉴定,有效保护育种家和农民的权益。同时构建一套构建指纹图谱的计算机算法,可快速有效挑选出最优引物组合。